蛋白质水溶液内部电场分布问题

gongrehk · 发表于 Post on 2021-6-17 14:06:00

本帖最后由 gongrehk 于 2021-6-17 14:08 编辑

用Gromacs模拟了蛋白质水溶液体系。现在想知道体系里电场的空间分布是什么样子的，请问有前辈了解过吗?感觉应该先得到电势分布然后算一下梯度以得到电场。
关于空间中某一位置(rRef)电势的计算，目前想到的最简单或者说最直接的方法是计算盒子中所有原子所带电荷在该位置处的库伦势的叠加。
很明显，这种方式只考虑了原始盒子中所有原子距该点的最邻镜像，然而静电作用力毕竟是长程力，在MD中对静电势的处理用的是PME方法，也即考虑了所有镜像盒子中原子的静电作用。请问这样简化是不是会出现什么问题?
谢谢大家的讨论和建议！谢谢！

gongrehk · 发表于 Post on 2021-7-15 13:18:01

好的谢谢老师@sobereva 我考虑了外面一圈(共27个盒子)甚至更大一圈(共125个盒子)，对比了一下，只考虑外面一圈(共27个盒子)差不多就够了。我用的盒子大小是9nm。

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-1 06:25:00

gongrehk 发表于 2021-6-19 10:48
邻近的26个都考虑吗？这样是不是计算负荷会非常大?@sobereva

是
不代表计算量有多大，看具体体系大小。
不这样做的话当前盒子的边角、棱附近的区域的电场肯定不合理

gongrehk · 发表于 Post on 2021-6-19 10:48:59

邻近的26个都考虑吗？这样是不是计算负荷会非常大?@sobereva

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-19 00:35:35

gongrehk 发表于 2021-6-18 11:03
谢谢sobereva老师! @sobereva
我目前用的盒子是9nm的立方体盒子。
那我先只考虑当前盒子以及与当前盒子各 ...

应该是相邻的26个盒子

gongrehk · 发表于 Post on 2021-6-18 11:03:23

谢谢sobereva老师! @sobereva
我目前用的盒子是9nm的立方体盒子。
那我先只考虑当前盒子以及与当前盒子各个面直接相邻的六个盒子(L,0,0),(-L,0,0),(0,L,0),(0,-L,0),(0,0,L),(0,0,-L)l里面的原子的作用。

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-18 01:35:59

自己写个程序，计算某个点的静电势的时候，考虑当前盒子和四周相邻盒子里的原子就完了。如果盒子小，为了准确可以再考虑更大一圈的相邻镜像

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