Gromacs跑有机物聚合过程，为什么有的跑散了

wudiazhu

用acpype生成了我聚合物的itp文件，并用RESP电荷替代，用packmol构建50个我的聚合物和4w个水，能量极小化后用Berendsen压浴跑了5ns的动力学，想看我的聚合物在水环境中的堆叠过程。如图是动力学最后一帧的结构，发现有的并没有聚在一起，而是跑散了，想请各位老师看看我的mdp文件有无问题，还有几个问题：
1. 跑散可能是我的聚合物与水的相互作用也很强（体系含有羟基），可不可以去掉水在真空环境下跑？或者说还有别的办法让它们聚集在一起吗？
2. 用mindist命令查看分子与其镜像的最短距离，是不是只要保证我取分析的那段过程中最短距离都比cut-off大就好了，还是需要在整个动力学过程中都大于cut-off？
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2021-6-18 10:48 上传 Uploaded

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zdworld

你这是周期性盒子，把xyz方向的周期性镜像都开起来看看。

sobereva

a-Student 发表于 2023-7-30 10:06
老师，打扰您一下，遇到这种情况请教您：
1. 如图1所示，GMX跑完查看最后一帧轨迹原本是一个有n=100组成 ...

1 本来就该这样。你画箭头的地方是被聚合物占的地方，自然没有水

2 先把轨迹弄成图2那样让聚合物保持完整，之后trjconv结合-center让选定的组居中，组选择聚合物部分

a-Student

sobereva 发表于 2021-6-18 18:49
你这聚合物本来亲水性就不弱，没理由期望一定会堆到一起去

老师，打扰您一下，遇到这种情况请教您：
1. 如图1所示，GMX跑完查看最后一帧轨迹原本是一个有n=100组成的长链，跑完发现长链被断开了，然后我用命令gmx trjconv -f md.xtc -s md.tpr -pbc whole -o md.xtc优化了轨迹保持分子完整性，图2分子长链又变成聚集状态了，但发现水盒子在原来散开的聚合物片段位置出现了水分子缺失，水盒子看上去缺一块，老师这种情况我做了轨迹优化会影响结果分析吗？
2. 因为聚合物他跑出盒子了，所以我在gmx trjconv -f md.xtc -s md.tpr -pbc whole -o md.xtc生成的.xtc文件基础上又做了将聚合物放在盒子中心操作，gmx trjconv -f md.xtc -s md.tpr -pbc mol -o md.xtc，发现位置没有变化，请问老师怎么才能把它放在盒子里呢？

麻烦您啦，谢谢指教。

wudiazhu

wbn 发表于 2021-6-18 17:51
那就不能保证他们全聚集在一起了。你的初始状态是聚集的吗？

初始状态不是聚集的，只是用packmol均匀分布在盒子中

wudiazhu

sobereva 发表于 2021-6-18 18:49
你这聚合物本来亲水性就不弱，没理由期望一定会堆到一起去

好吧，谢谢sob老师，我再跑长时间看看吧

sobereva

你这聚合物本来亲水性就不弱，没理由期望一定会堆到一起去

wbn

你的第一个问题，想看聚合物在水环境中的堆叠过程，那怎么能去掉水。
第二个问题，你的体系都是小分子，你看镜像的距离干吗

wbn

wudiazhu 发表于 2021-6-18 15:10
是50个聚合物，一个聚合物是4个单元的链

那就不能保证他们全聚集在一起了。你的初始状态是聚集的吗？

wudiazhu

wbn 发表于 2021-6-18 11:48
盒子里是由50个聚合物还是1个50单体的聚合物链？

是50个聚合物，一个聚合物是4个单元的链

wbn

盒子里是由50个聚合物还是1个50单体的聚合物链？