oplsaa力场中钾离子的力场怎么用到 gromacs 力场中呢

jianjunjiang · 发表于 Post on 2021-6-20 15:08:48

gromacs 力场中没有钾离子的力场，但是oplsaa力场中有，怎么将oplsaa力场中钾离子的力场用到 gromacs 力场中呢？

jianjunjiang · 发表于 Post on 2021-6-21 21:42:18

sobereva 发表于 2021-6-21 17:59
仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图
有贴错的就删掉

谢谢！
力场参数的选择对离子周围其他原子的分布很重要，所以要慎重选择。

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-21 17:59:44

jianjunjiang 发表于 2021-6-21 14:36
谢谢sobereva老师，我手动转化了一个Na离子的力场
不好意思，第一个图片是错误的，最后一个图片是gromo ...

仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图
有贴错的就删掉

本来不同力场里的Na离子的参数就是不同的

jianjunjiang · 发表于 Post on 2021-6-21 14:36:20

本帖最后由 jianjunjiang 于 2021-6-21 21:34 编辑

sobereva 发表于 2021-6-21 00:52
根据此页ppt先手动转成C6、C12，再写到GROMOS力场的[atomtypes]里谢谢sobereva老师，我手动转化了一个Na离子的力场

不好意思，第一个图片是错误的，最后一个图片是gromos54a7力场中的Na离子参数

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-21 00:52:01

根据此页ppt先手动转成C6、C12，再写到GROMOS力场的[atomtypes]里

jianjunjiang · 发表于 Post on 2021-6-20 20:28:14

sobereva 发表于 2021-6-20 18:06
GROMACS是程序，不是力场

谢谢老师，您所言极是，问题因该是：oplsaa力场中的钾离子力场怎么转换为gromos53a6力场的形式

jianjunjiang · 发表于 Post on 2021-6-20 20:25:53

谢谢老师，您所言极是，问题因该是：oplsaa力场中的钾离子力场怎么转换为gromos53a6力场的形式

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-20 18:06:40

GROMACS是程序，不是力场

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[GROMACS] oplsaa力场中钾离子的力场怎么用到 gromacs 力场中呢