计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 11517|回复 Reply: 8
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Gaussian/gview] 求问Gaussian中ADMP关键词计算未完成时终止计算,换用服务器之前跑过的步数还会有么

[复制链接 Copy URL]

5

帖子

0

威望

81

eV
积分
86

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 zongxh862 于 2021-6-23 10:52 编辑

求问大神!Gaussian中ADMP关键词计算未完成时终止计算(想换更快的节点计算),【记为文件1】;换用服务器继续之前的结构进行admp,【记为文件2】
ps:换用服务器之后的输入文件,是读取之前未完成任务的.chk文件
具体问题:
①想用最终得到的【文件2】结果文件,用VMD查看路径,观察分子动力学情况【请问换服务器之前,文件1跑过的步数还存在么?跑过的路径还会在结果文件2中出现么?e.g.前4ps的路径轨迹   
②如果【文件2】不能满足对【文件1】路径的有效继续,那么后续该如何操作将【文件1】与【文件2】的结果轨迹情况汇聚到一起,形成连贯的路径呈现。因现计算条件有限,无法进行多步的实践演示,且少步骤的呈现并不明显。 特求各位前辈老师传授经验!!!感谢!!!   *没有弄清楚换行的按键,排版粗糙请见谅

5

帖子

0

威望

81

eV
积分
86

Level 2 能力者

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-24 20:48:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-23 17:02
格式明显错误
restart要写在ADMP(...)里

非常感谢老师的指导。
#p b3lyp/6-31g(d) admp  (restart,maxpoints=100000) geom=check guess=read 已正常运行。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125126

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2021-6-23 17:02:47 | 只看该作者 Only view this author
zongxh862 发表于 2021-6-23 10:51
特别感谢老师的耐心解答!
有关于Restart关键词“Restart:Restart an ADMP calculation from the check ...

格式明显错误
restart要写在ADMP(...)里
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

5

帖子

0

威望

81

eV
积分
86

Level 2 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-23 10:51:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-23 03:21
ADMP里写restart可以基于之前的chk续算
out里只有续算出来的部分,打开chk才能看完整的轨迹

特别感谢老师的耐心解答!
有关于Restart关键词“Restart:Restart an ADMP calculation from the checkpoint file. Note that options set in the original job will continue to be in effect and cannot be modified.”,
想请问老师命令行具体内容应编辑什么?应选用以下哪种编辑情况?
①#p b3lyp/6-31g(d) admp restart (maxpoints=100000) 【用得到的文件1得到.gjf输入文件,直接加上“restart”】
②#p b3lyp/6-31g(d) admp restart (maxpoints=100000) geom=check guess=read【读取文件1.chk文件】
③还是说以上两种命令行有错误等问题,应是其他命令内容

求老师指导!

5

帖子

0

威望

81

eV
积分
86

Level 2 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-23 10:27:08 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-6-23 00:33
你实际跑一遍就知道了
用一个简单的分子,跑2步,杀掉,从最后一步的结构开始再跑两步,然后看一下第一个 ...

特别感谢您,服务器闲置出来,我打算这样试试。因为还想问另外一个问题,并得到权威答案,所以特发此帖

5

帖子

0

威望

81

eV
积分
86

Level 2 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-23 10:25:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-23 00:23
读起来费劲死了
论坛编辑器都是所见即所得的,怎么会搞成这样
搞不清楚就进入编辑器的纯文本模式编辑

实在不好意思老师 下次进入纯文本模式编辑

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125126

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2021-6-23 03:21:54 | 只看该作者 Only view this author
ADMP里写restart可以基于之前的chk续算
out里只有续算出来的部分,打开chk才能看完整的轨迹
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1万

帖子

0

威望

9854

eV
积分
22088

Level 6 (一方通行)

3#
发表于 Post on 2021-6-23 00:33:33 | 只看该作者 Only view this author
你实际跑一遍就知道了
用一个简单的分子,跑2步,杀掉,从最后一步的结构开始再跑两步,然后看一下第一个结构还有没有
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125126

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2021-6-23 00:23:59 | 只看该作者 Only view this author
读起来费劲死了
论坛编辑器都是所见即所得的,怎么会搞成这样
搞不清楚就进入编辑器的纯文本模式编辑
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-18 13:09 , Processed in 0.186046 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list