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各位老师
最近在做蛋白质配体GMX模拟，使用acpype生成配体itp文件，按照sob老师的讲义核对了itp文件里面的h atomtype，发现有一处原子指认可能存在错误 (见下图)
下面是itp文件里的信息：
可以看到总共指认了四类原子，从结构可见并没有芳环存在，但是ha指的是GAFF力场中的芳环H（红色标注）
; Cedrene_GMX.itp created by acpype (v: 2020-11-11T22:59:34CET) on Tue Jun 22 05:57:02 2021
[ atomtypes ]
;name bond_type mass charge ptype sigma epsilon Amb
c3 c3 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 4.57730e-01 ; 1.91 0.1094
c2 c2 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860
hc hc 0.00000 0.00000 A 2.64953e-01 6.56888e-02 ; 1.49 0.0157
ha ha 0.00000 0.00000 A 2.59964e-01 6.27600e-02 ; 1.46 0.0150
[ atoms ]
; nr type resi res atom cgnr charge mass ; qtot bond_type
1 c3 1 *** C 1 -0.052000 12.01000 ; qtot -0.052
2 c3 1 *** C1 2 -0.055700 12.01000 ; qtot -0.108
3 c3 1 *** C2 3 -0.037000 12.01000 ; qtot -0.145
4 c3 1 *** C3 4 -0.027500 12.01000 ; qtot -0.172
5 c3 1 *** C4 5 -0.070400 12.01000 ; qtot -0.243
6 c3 1 *** C5 6 -0.053700 12.01000 ; qtot -0.296
7 c3 1 *** C6 7 -0.074400 12.01000 ; qtot -0.371
8 c3 1 *** C7 8 -0.030200 12.01000 ; qtot -0.401
9 c3 1 *** C8 9 -0.078400 12.01000 ; qtot -0.479
10 c2 1 *** C9 10 -0.113400 12.01000 ; qtot -0.593
11 c3 1 *** C10 11 -0.084100 12.01000 ; qtot -0.677
12 c3 1 *** C11 12 -0.084100 12.01000 ; qtot -0.761
13 c2 1 *** C12 13 -0.174202 12.01000 ; qtot -0.935
14 c3 1 *** C13 14 -0.086100 12.01000 ; qtot -1.021
15 c3 1 *** C14 15 -0.054900 12.01000 ; qtot -1.076
16 hc 1 *** H 16 0.053700 1.00800 ; qtot -1.022
17 hc 1 *** H1 17 0.060700 1.00800 ; qtot -0.962
18 hc 1 *** H2 18 0.047700 1.00800 ; qtot -0.914
19 hc 1 *** H3 19 0.047700 1.00800 ; qtot -0.866
20 hc 1 *** H4 20 0.047700 1.00800 ; qtot -0.819
21 hc 1 *** H5 21 0.043700 1.00800 ; qtot -0.775
22 hc 1 *** H6 22 0.043700 1.00800 ; qtot -0.731
23 hc 1 *** H7 23 0.048700 1.00800 ; qtot -0.683
24 hc 1 *** H8 24 0.048700 1.00800 ; qtot -0.634
25 hc 1 *** H9 25 0.040700 1.00800 ; qtot -0.593
26 hc 1 *** H10 26 0.040700 1.00800 ; qtot -0.552
27 hc 1 *** H11 27 0.034867 1.00800 ; qtot -0.518
28 hc 1 *** H12 28 0.034867 1.00800 ; qtot -0.483
29 hc 1 *** H13 29 0.034867 1.00800 ; qtot -0.448
30 hc 1 *** H14 30 0.034867 1.00800 ; qtot -0.413
31 hc 1 *** H15 31 0.034867 1.00800 ; qtot -0.378
32 hc 1 *** H16 32 0.034867 1.00800 ; qtot -0.343
33 ha 1 *** H17 33 0.120000 1.00800 ; qtot -0.223
34 hc 1 *** H18 34 0.034033 1.00800 ; qtot -0.189
35 hc 1 *** H19 35 0.034033 1.00800 ; qtot -0.155
36 hc 1 *** H20 36 0.034033 1.00800 ; qtot -0.121
37 hc 1 *** H21 37 0.040367 1.00800 ; qtot -0.081
38 hc 1 *** H22 38 0.040367 1.00800 ; qtot -0.040
39 hc 1 *** H23 39 0.040367 1.00800 ; qtot -0.000
考虑到这个分子结构式里面红圈里面的H type 是C=C的H，肯定不是定义里的ha （H on aromatic C), 那么在GAFF立场里
hc
ha
hn
ho
hs
hp | H on aliphatic C
H on aromatic C
H on N
H on O
H on S
H on P |
、
于是去查找GAFF力场的说明文件PDF，并没有发现有H on sp2 C 的选项，另外找到有多种特殊类型的H(见下图)
| Atom type | Description | Atom type | Description | h1
h2
h3
h4
h5
| H on aliphatic C with 1 EW group;
H on aliphatic C with 2 EW group;
H on aliphatic C with 3 EW group;
H on aromatic C with 4 EW group;
H on aromatic C with 5 EW group;
| cc(cd)
ce(cf)
cp(cq)
cu
cv
cx
cy | inner sp2 C in conj. ring systems
inner sp2 C in conj. chain systems
bridge aromatic C
sp2 C in three-memberred rings
sp2 C in four-memberred rings
sp3 C in three-memberred rings
sp3 C in four-memberred rings |
那么问题1：应该选择h1 来替换ha吗？
问题2：手工修改ha 到 h1之后，后面相应的sigma epsilon等键参数怎么计算或者查找呢？Amb代表的是什么意思？
谢谢各位大佬！
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发表于 Post on 2021-6-23 14:00:50
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楼主 Author
发表于 Post on 2021-6-23 16:46:04