求助：在gromacs中模拟两个以上的双链DNA分子如何实现？

HZW · 发表于 Post on 2021-6-23 16:50:24

最近在PRL上看见很久以前的一篇利用MD（gmx）做分子动力学模拟, 主要是模拟两个dsDNA分子之间的相互作用：
所以想在论坛上问下谁知道怎么在gmx中模拟两个DNA分子，而且还要保证这两个DNA分子中心的初始距离为3.8nm.

HZW · 发表于 Post on 2021-7-1 16:53:27

sobereva 发表于 2021-7-1 06:03
gro合并后记得修改gro里的原子数

pdb合并后有那个问题8成是格式弄得不对

HZW · 发表于 Post on 2021-7-1 16:45:36

sobereva 发表于 2021-7-1 06:03
gro合并后记得修改gro里的原子数

pdb合并后有那个问题8成是格式弄得不对

好的，谢谢，您说的方法我后面去试，我自己在pymol中先 copy ，然后再translate [x,y,z], xxx，已经生成初始构象嘞，现在已经跑上MD嘞。

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-1 06:03:34

HZW 发表于 2021-6-23 18:26
卢老师，有个问题是我之前试了，但是把两个DNA分子的gro文件合并后只显示一条双链的；还有就是合并PDB以后 ...

gro合并后记得修改gro里的原子数

pdb合并后有那个问题8成是格式弄得不对

HZW · 发表于 Post on 2021-6-23 18:26:15

卢老师，有个问题是我之前试了，但是把两个DNA分子的gro文件合并后只显示一条双链的；还有就是合并PDB以后在VMD里边只能显示一条双链，另外一条不见了

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-23 16:56:48

把两个DNA的拓扑文件都include到top里
让结构文件里有两个DNA

初始距离可以在VMD里通过平移调节

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[GROMACS] 求助：在gromacs中模拟两个以上的双链DNA分子如何实现？