求助 GMX mdrun怎么调用双路的cpu呢？

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2021-6-27 14:01:30

先前在参考sob老师配置推荐的博文下，组装了一台双路2696v4的机器，由于现在显卡价格还是不太满意，所以暂用亮机卡点亮。机器本来想装双系统，不过现在就装了win10（打算等到显卡就位再折腾

）。在做虚拟筛选的时候2个cpu利用率是100%，但是在做溶液蛋白质动力学模拟，gmx mdrun的时候，有一个cpu貌似处于闲置了，网上查了一下也是云里雾里，想请教下各位老师需要如何设置能完全利用到2个cpu呢？谢谢老师！

ps gmx 版本：
GROMACS version: 2018.8
Precision:       single
Memory model:    64 bit
MPI library:       thread_mpi
OpenMP support:    enabled (GMX_OPENMP_MAX_THREADS = 64)

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2021-6-28 11:13:37

sobereva 发表于 2021-6-28 06:58
搞清楚什么叫节点
一台机子是一台节点

好的谢谢老师我再研究研究

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-28 06:58:24

5撇到3撇发表于 2021-6-27 21:22
谢谢老师解答，刚才试了一下还是不行:( 我猜测是因为只能用一个节点所以另一个cpu就闲置了嘛，老师我是小 ...

搞清楚什么叫节点
一台机子是一台节点

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2021-6-27 21:22:55

sobereva 发表于 2021-6-27 20:25
正常情况默认就会利用所有CPU逻辑核心

如果你确信并非所有物理核心都被利用了，mdrun明确加上-ntmpi 44 ...

谢谢老师解答，刚才试了一下还是不行:( 我猜测是因为只能用一个节点所以另一个cpu就闲置了嘛，老师我是小白并行这些实在不懂

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-27 20:25:36

正常情况默认就会利用所有CPU逻辑核心

如果你确信并非所有物理核心都被利用了，mdrun明确加上-ntmpi 44 -pin on再试

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[综合交流] 求助 GMX mdrun怎么调用双路的cpu呢？