计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 25648|回复 Reply: 19
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助gromacs进行蛋白质模拟时如何加入氢氧化钠

[复制链接 Copy URL]

16

帖子

0

威望

83

eV
积分
99

Level 2 能力者

本人萌新,想用gromacs模拟蛋白质在氢氧化钠溶液中,采用官网中例子蛋白-配体复合物(Protein-Ligand Complex)方式加入氢氧根离子发现报错ERROR 1 [file oh.prm, line 4]: Unknown bond_atomtype OGTIP3,想请教大家还有什么方式能够加入氢氧化钠?欢迎各位老师同学的答复!!!

349

帖子

0

威望

905

eV
积分
1258

Level 4 (黑子)

20#
发表于 Post on 2021-7-10 18:28:17 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-7-10 15:31
错误信息里面给的这个python.org的链接你看了吗

老师,看了链接,然后查了帖子,将forcefit的第一行改为#coding=utf-8,然后可以正常运行了

1万

帖子

0

威望

9876

eV
积分
22118

Level 6 (一方通行)

19#
发表于 Post on 2021-7-10 15:31:25 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-7-10 07:56
老师,我在windows电脑上安装了python 2.7版本,但是运行forcefit时出现了下面的错误,想请教老师应该如 ...

错误信息里面给的这个python.org的链接你看了吗
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

349

帖子

0

威望

905

eV
积分
1258

Level 4 (黑子)

18#
发表于 Post on 2021-7-10 14:56:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-10 09:44
如果你是指成键项参数,用这个可以自行基于Gaussian的Hessian矩阵得到http://www.keinsci.com/research/f ...

老师,我在windows电脑上安装了python 2.7版本,但是运行forcefit时出现了下面的错误,想请教老师应该如何去修改?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125150

管理员

公社社长

17#
发表于 Post on 2021-7-10 09:44:31 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-7-9 10:07
谢谢老师,老师,还有一个问题,就是金属卟啉涉及中心金属离子和其中两个氮原子的配位,通过文献可以查到 ...

如果你是指成键项参数,用这个可以自行基于Gaussian的Hessian矩阵得到http://www.keinsci.com/research/forcefit/
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

349

帖子

0

威望

905

eV
积分
1258

Level 4 (黑子)

16#
发表于 Post on 2021-7-9 15:32:06 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-7-9 14:46
中心金属离子是同时和4个氮原子配位的,而且四根配位键等价。建议多看做金属有机的人发的文章,不要看做 ...

知道了,谢谢老师

1万

帖子

0

威望

9876

eV
积分
22118

Level 6 (一方通行)

15#
发表于 Post on 2021-7-9 14:46:26 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-7-9 03:07
谢谢老师,老师,还有一个问题,就是金属卟啉涉及中心金属离子和其中两个氮原子的配位,通过文献可以查到 ...

中心金属离子是同时和4个氮原子配位的,而且四根配位键等价。建议多看做金属有机的人发的文章,不要看做有机的人画的错误共振式
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

1万

帖子

0

威望

9876

eV
积分
22118

Level 6 (一方通行)

14#
发表于 Post on 2021-7-9 14:45:20 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-7-9 04:16
谢谢老师,还有一个问题想请教老师,就是xtb能否像gromcas一样,对由几十个给体和受体分子构建的复合物进 ...

xtb跑动力学大概几百个或者最多几千个原子到头了
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

349

帖子

0

威望

905

eV
积分
1258

Level 4 (黑子)

13#
发表于 Post on 2021-7-9 11:16:13 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-7-9 02:08
对,你仔细看一下UFF的文献原文,有的金属比如只给了四面体构型的参数,而卟啉是平面四方的,这个金属就 ...

谢谢老师,还有一个问题想请教老师,就是xtb能否像gromcas一样,对由几十个给体和受体分子构建的复合物进行模拟吗?

349

帖子

0

威望

905

eV
积分
1258

Level 4 (黑子)

12#
发表于 Post on 2021-7-9 10:57:48 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-7-9 02:08
对,你仔细看一下UFF的文献原文,有的金属比如只给了四面体构型的参数,而卟啉是平面四方的,这个金属就 ...

好的,老师,明白啦,我现在就去试一下

349

帖子

0

威望

905

eV
积分
1258

Level 4 (黑子)

11#
发表于 Post on 2021-7-9 10:07:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-9 08:55
UFF力场是非常糙的,能自己手动搞参数就不要用UFF

谢谢老师,老师,还有一个问题,就是金属卟啉涉及中心金属离子和其中两个氮原子的配位,通过文献可以查到金属的相关参数,那和其配位的原子相关参数应该如何处理呀?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125150

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2021-7-9 08:58:03 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2021-7-8 21:41
请教一下这个观点的延伸问题,如果我需要模拟一定浓度的盐酸下,表面活性剂在水的自组装行为,如芥酸甜菜 ...



AMBER、GROMOS、OPLS这些力场都没有专门考虑极端、特种条件。能不能用这种问题,如果有严谨的文章专门测试过,以测试文章结论为准;如果没有测试过,至少不能说不能用,实际算算试试,能和已知实验现象吻合那最好。没有实验对照的话也可以不同力场都跑跑看看结果是否基本吻合,相互对照以增强结果的说服力。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125150

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2021-7-9 08:55:24 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-7-8 18:35
老师,我研究的分子是四苯基取代的金属卟啉,在使用UFF进行动力学模拟后,分子的构型发生了极大的扭曲, ...

UFF力场是非常糙的,能自己手动搞参数就不要用UFF
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1万

帖子

0

威望

9876

eV
积分
22118

Level 6 (一方通行)

8#
发表于 Post on 2021-7-9 02:08:58 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-7-8 11:35
老师,我研究的分子是四苯基取代的金属卟啉,在使用UFF进行动力学模拟后,分子的构型发生了极大的扭曲, ...

对,你仔细看一下UFF的文献原文,有的金属比如只给了四面体构型的参数,而卟啉是平面四方的,这个金属就会强行把卟啉扭成一个四面体配位的配体。
这种体系建议用xtb跑动力学
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

1560

帖子

0

威望

4999

eV
积分
6559

Level 6 (一方通行)

7#
发表于 Post on 2021-7-8 21:41:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-29 05:16
不知道你说的什么官网例子
GROMACS根本不涉及.prm文件
模拟蛋白质类体系,恰当通过设置残基质子化态体现p ...

请教一下这个观点的延伸问题,如果我需要模拟一定浓度的盐酸下,表面活性剂在水的自组装行为,如芥酸甜菜碱在高浓度盐酸中形成胶束(通常盐酸质量浓度为10~20%,换算为摩尔浓度约3~6 mol/L),那么此时,水溶液中就需要大量的酸根,是不是就意味着需要加入大量的H3O+,和CL- ,使得换算后的盐酸浓度为3~6 mol/L范围内?而且这个酸浓度那么高,常用的AMBER或者GROMOS或者OPLS力场是否还适用?
又菜又爱玩

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 06:01 , Processed in 0.209694 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list