求助：如何考虑两种分子在固态/晶体中的相互作用？

时光故事去学习 · 发表于 Post on 2021-7-3 11:08:24

大家好，求助：研究两种分子之间的弱相互作用，对两个分子构成的孤立体系进行了计算。投稿后审稿人建议将这种C...N相互作用定义成‘tetrel bond’，并建议与晶体中的情况进行对比，间距可以是3埃左右，方向在160-180°之间。请问各位老师和同学，该如何考虑这个问题、如何开展计算？
1、需要建立周期性体系的模型进行第一性原理计算吗？如果需要，涉及到两种分子应该如何建模？

2、如果可以用孤立体系进行计算来阐述固体或晶体中的这些问题，请问该如何考虑？
谢谢各位老师和同学！

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-5 03:58:16

时光故事去学习发表于 2021-7-4 07:44
谢谢老师！还想请问老师，如果真空下计算的二聚体满足晶体的标准能够说明什么？
真空下计算的间距是否应 ...

至少是满足了晶体环境中典型的tetrel bond判据，可以提一句
但晶体环境和真空环境差异很大，也不代表真空下就必须能满足晶体下的判据
不一定

时光故事去学习 · 发表于 Post on 2021-7-4 07:44:55

sobereva 发表于 2021-7-4 02:30
没上下文没法给出确切的答案

这不叫“定义成”tetrel bond，本来就明显属于tetrel bond

谢谢老师！还想请问老师，如果真空下计算的二聚体满足晶体的标准能够说明什么？
真空下计算的间距是否应该总是比晶体中的间距大？
谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-4 02:30:05

没上下文没法给出确切的答案

这不叫“定义成”tetrel bond，本来就明显属于tetrel bond

如果那个几何标准是审稿人提到的，你去看你真空下计算的二聚体是否也满足这个晶体中常见的标准。

大概率没要求你做周期性计算

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