求助有些奇怪的大分子拓扑文件建立

yuyancheng2001 · 发表于 Post on 2021-7-12 16:11:11

本人最近做一些拓扑异构酶相关的内容。
尝试将小分子和拓扑异构酶以及DNA三元复合物进行分子动力学模拟。在拓扑文件建立是遇到了问题（晶体PDB号：1sc7）。

1，蛋白上有一个酪氨酸残基与磷酸形成了共价键也就是A链的PTR723；

2，DNA中有一条链是不连续的，且断开的两边，也就是B链的DT10少了个氧，而C链的TGP11多了硫。

这两个地方拓扑文件不知道该怎么处理，是否需要把这几个非标准残基都当成小分子来处理拓扑文件？

另外有文献报道sybyl可以对这个体系直接进行模拟，不知道有没有做过的朋友告诉我一下可不可行？

yuyancheng2001 · 发表于 Post on 2021-7-14 11:09:07

好的，谢谢sob老师，我下下来学习一下！

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-13 16:02:17

很多主流生物分子力场都有衍生版支持非标准残基，包括磷酸化的酪氨酸。当年我的一篇文章Biochemistry 2009, 48, 7986–7995里就模拟过带磷酸化酪氨酸的

自己在rtp文件里恰当建立非标准氨基酸残基的信息，使得pdb2gmx能够读入

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