关于gromacs里面的rvdw-switch参数的问题

BBBcf

最近发现之前用gromacs跑的分子动力学中，有一个参数rvdw-switch被我设置成了1.0，而我看文档中它的默认值是0，我想知道这个参数会对我的模拟体系有什么影响吗？我的体系是78个氨基酸的单链蛋白，还有这个参数究竟是怎么来对范德华力发挥作用的呢？请各路大神赐教！

title                   = No_Restrain  
; Run parameters
integrator              = md                ; leap-frog integrator
nsteps                  = 250000000           ; (500 ns)
dt                      = 0.002             ; 2 fs
; Output controli
nstxout                 = 10000     ; save coordinates every 20 ps
nstvout                 = 10000     ; save velocities every 20 ps
nstenergy               = 10000     ; save energies every 20 ps
nstlog                  = 10000     ; update log file every 20 ps
; Bond parameters
continuation            = yes       ; continuing from NPT
constraint_algorithm    = lincs     
constraints             = h-bonds   ; bonds to H are constrained
lincs_iter              = 1         ; accuracy of LINCS
lincs_order             = 4         ; also related to accuracy
; Neighbor searching and vdW
cutoff-scheme           = Verlet
ns_type                 = grid      ; search neighboring grid cells
nstlist                 = 20        ; largely irrelevant with Verlet
rlist                   = 1.2
vdwtype                 = cutoff
vdw-modifier            = force-switch
rvdw-switch             = 1.0
rvdw                    = 1.2       ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
; Electrostatics
coulombtype             = PME       ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
rcoulomb                = 1.2
pme_order               = 4         
fourierspacing          = 0.16      ; grid spacing for FFT
; Temperature coupling
tcoupl                  = V-rescale                     ; modified Berendsen thermostat
tc-grps                 = Protein Non-Protein    ; two coupling groups - more accurate
tau_t                   = 0.1   0.1                     ; time constant, in ps
ref_t                   = 300   300                     ; reference temperature, one for each group, in K
; Pressure coupling
pcoupl                  = Berendsen             ; pressure coupling is on for NPT
pcoupltype              = isotropic                     ; uniform scaling of box vectors
tau_p                   = 2.0                           ; time constant, in ps
ref_p                   = 1.0                           ; reference pressure, in bar
compressibility         = 4.5e-5                        ; isothermal compressibility of water, bar^-1
refcoord_scaling        = com
; Periodic boundary conditions
pbc                     = xyz       ; 3-D PBC
; Dispersion correction is not used for proteins with the C36 additive FF
DispCorr                = EnerPres
; Velocity generation
gen_vel                 = no        ; continuing from NPT equilibration


也附上我的mdp可以看看有没有其他问题

ovolcano

sobereva 发表于 2024-9-3 11:26
Molecular modelling Principles and applications(Leach A.R.,2ed,2001)书里就有讲

谢谢sob老师！

sobereva

ovolcano 发表于 2024-9-2 10:19
sob老师，请问描述switch算法的具体文章是哪一篇？

Molecular modelling Principles and applications(Leach A.R.,2ed,2001)书里就有讲

ovolcano

sobereva 发表于 2021-7-14 15:25
如果不是很懂原理，不要随便改
vdw-modifier应当用默认的Potential-shift-Verlet
如果用的是CHARMM力场， ...

sob老师，请问描述switch算法的具体文章是哪一篇？

BBBcf

sobereva 发表于 2021-7-14 15:25
如果不是很懂原理，不要随便改
vdw-modifier应当用默认的Potential-shift-Verlet
如果用的是CHARMM力场， ...

谢谢老师，学到啦！

sobereva

如果不是很懂原理，不要随便改
vdw-modifier应当用默认的Potential-shift-Verlet
如果用的是CHARMM力场，就按照官方推荐的那么设就完了
switch的意义