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本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-12-24 01:02 编辑
相关概况请阅读：http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html
全文附件（所有已整理聊天记录，下载时请确认本帖为我最后发布的聊天记录帖（不一定是日期范围最早/最晚的））：
本次附件（附件内容与下文一致）：
- 2015.12.18 00:08:37
- Q:
- 查看MOPAC的结果用什么GUI比较好？
- [图片]
- Sob写过一个辅助工具
- A:
- 看优化轨迹就用mopac2xyz+VMD最方便。看轨道之类的，可以用gabedit
- Q:
- 好，正在尝试，谢谢。
- mopax2xyz 好用，不过发现Gabedit也能查看优化过程的动画~~
- A:
- 我挺不喜欢gabedit的界面的
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 00:15:39
- Q:
- [图片]
- /害羞
- [图片]这么多的白线条怎么去掉啊
- 老师们有知道的吗
- [图片]
- 除了红绿蓝之外不是还有白色的细线吗
- 只有这样摆位置才能更好展现原子
- 我懂，这是不是灯光啊
- 可不可以将灯光关掉
- 但是不知道在哪里操作
- 我还没到ps的哪一步
- 主要是想把白条去掉[表情]
- [图片] 只能做到这样
- 白条
- 那个细细的白条[表情]
- 对
- 对
- 但是我还是觉得肯定是灯光照射的导致出现白条反光
- 不知道在那里关闭这个灯光
- 正在找
- 应该是这样子的
- 摸索中
- 我找到了灯光
- 但是调节不了分子表面顶点这个外表面
- 可以调节里面的
- 醉了
- 放弃了
- 残缺的最美
- [表情]
- 其实不想放弃，但是没办法啊
- 老师我要是解决问题，你这样说还行，问题没解决啊
- A:
- 调整抗锯齿选项，在此文提及了
- 使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
- http://sobereva.com/196
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 00:15:39
- Q:
- [图片]
- 优化极小的时候，遇到最终结构不是优化过程中的最小值时，应当将最小值的结构提取、减小步长，以尽可能获取全局最小；但是在优化过渡态的时候是不是就不用管这一点了。
- A:
- 过渡态时候不用管，因为本身就可以比初始结构高
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 00:15:39
- Q:
- 请问 A＋e→B•+C-这个反应的能量变化怎么算，是不是△E＝ E(B•）＋E（C-）－E（A）+？要加电子e的能量吗，我的能量计算有没有问题？
- 我也是这么认为的，首先方程得平衡，那再问一下，e的能量直接带进去就行吗
- 老师，请帮我看看我的问题吧
- 是个电池
- 电池的氧化反应
- A:
- 气相计算时，单个电子的能量不考虑
- Q:
- 老师，我这是个电池反应，我没说清楚
- 我在溶剂中要计算
- A:
- 不用管e
-
- △E＝ E(B•）＋E（C-）－E（A）没错
- [图片]
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 00:20:20
- Q:
- 请问老师，如何在Supproting Information中加动画
- A:
- 动画文件你就放在supporting的压缩包里就行了
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 00:36:40
- Q:
-
- 做一个简单溶剂化优化
- 报错信息
- [图片]
- 该如何解决啊
- 输入如下
- [图片]
- A:
- [图片]
- 哪能写两个opt
- 甭用scipcm
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 06:16:55
- Q:
- --------Markdown Markdown--------
- A:
- --------Markdown Markdown--------
- 近期对molclus程序进行了两次重要更新，加入了以下新的子程序，使得团簇构型搜索和分子构象搜索大为方便，不再必须依赖于第三方分子动力学程序。欢迎关注
-
- gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
- http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2388
- genmer：生成团簇初始构型的超便捷工具
- http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2369
- 等有时间写个paper专门介绍molclus
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 08:40:53
- Q:
- 请问大家利用Multiwfn基于完全态求和(SOS)方法计算超极化率时，怎么加上电场啊？求大神指点/微笑
- 请问大家利用Multiwfn基于完全态求和(SOS)方法计算超极化率时，怎么加上电场啊？求大神指点[表情]
- A:
- 根本就不需要加电场
- 又不是做有限场计算
- Q:
- 我想模拟一下实验数据，实验上加电场了
- A:
- （超）极化率是体系内在特征，跟外场无关
- Q:
- 老师，您是说不加电场，直接模拟出来的数据就可以和实验值比较是吗？
- A:
- 没有任何特殊的东西，找博文里算就完了
- PS：能用导数方法应优先用导数方法算，更准
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 08:49:14
- Q:
- 老师def2-tzvp能在gaussian09 D01版本中直接输入不？
- A:
- 能
- def2TZVP
- Q:
- 没有杠
- 谢谢老师
- A:
- 这类问题RTFM
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 08:50:38
- Q:
- 好的，老师，可是解析法是不是不能用MP2方法算啊
- A:
- MP2算第一超极化率得做一次有限差分，因为g09里只有它二阶解析导数
- DFT能直接算
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 08:55:41
- Q:
- 老师好！请问gaussian计算BOMD时，可以使用自定义基组吗？
- A:
- 可以
- Q:
- 老师，为什么总是118 错误
- A:
- 格式没弄对
- 弄成诸如这样
- ...
- A1 96.7798
- A2 89.0755
- D1 0.0
-
- 0
-
-
- U 0
- S 4 1.00
- 12.1252530 0.0219210
- 7.1615450 -0.2251600
- 4.7748360 0.5602990
- ...
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 09:08:51
- Q:
- [图片]
- 请问这是什么问题
- A:
- 3.1的局限性
- 用全电子基组肯定没问题，要么用更新NBO版本
- Q:
- 我对Sc用了相对论
- A:
- 意义不明
- Q:
- # B3LYP/gen scfcyc=200 int=dkh2 pop=nboread
-
- C N H 0
- 6-31g**
- ****
-
- Sc 0
- ugbs
- ****
-
- $nbo bndidx $end
- A:
- 这么搞明显糟糕透顶
- 6-31G**哪是给相对论计算用的
- 都用cc-pVDZ-DK去
- 要么老老实实都用6-31G**，甭相对论计算，什么毛病也没有
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 09:10:23
- Q:
- [图片]老师，我这个IRC做完以后，查看两端结构是一样的，都是对应着反应物的结构，没有对应的生成物结构。这是怎么回事？
- 老师，麻烦看一下我的问题好吗？我怕待会群里问题多了，把我的淹没了
- A:
- 那个问题老生常谈，翻翻群聊记录，绝对找得到
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 09:12:18
- Q:
- [图片]老师，你说的π氢键是箭指的地方么
- @Sobereva
- A:
- 是
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 09:13:33
- Q:
- [图片]这个是在哪里调出来的啊
- [图片]只能找到这个
- A:
- [图片]
- Q:
- 好的
- 谢谢老师
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 11:38:18
- Q:
- molclus这个好上手不
- A:
- 好
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 11:38:41
- Q:
- 老师，一个分子的homo、lomo能级差计算的紫外吸收波长为450nm，而实际测得紫外为550，请问这个是什么原因呢？是我算的不对吗？还是这个分子的能级差不能与紫外吸收联系在一起？
- A:
- Ambenry 本来HOMO-LUMO gap就只是最低激发能的非常烂的近似
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 11:40:51
- Q:
- 老师，我以前问过类似的问题，今天又看到你给别人以前的回帖[图片]，我想算是单层磷纳米薄层与离子液体相互作用，其结构[图片]，那么问能不能转换成非周期性的团簇进行计算@Sobereva
- A:
- 可以
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 11:40:51
- Q:
- 请问SSB-D或者KT2泛函在那个软件里可以用
- A:
- SSB-D并没什么好处。KT2 dalton支持
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 11:40:51
- Q:
- [图片]平常我们在用Gaussian计算频率的时候，出来的数值的的话，如上图看的话，在众多的输出频率的数值中，我怎么知道到底那个频率的数值对应的P-O键，那个数值是W-O键之类的呢
- 我知道Gaussian，但是看起来的时候觉得很乱，拨入一个P-O键的话，还有一些其他的键也会跟着动，所以我看起来觉得很乱，除了GV这种方法还有其他的吗
- A:
- Gaussian中分析振动模式成份的关键词freq=intmodes
- http://sobereva.com/106
- 很多振动模式本身就是内坐标强烈耦合产生的，有些注定没法清楚指认
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 11:41:07
- Q:
- 也就是说homo、lomo gap与紫外吸收并没有一个确切的关系了
- A:
- Ambenry 对
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 11:50:09
- Q:
- 你好 请问multiwfn计算出的分子静电势怎么导出来 [图片]
- 就是这个
- A:
- 手册5.4节
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 11:51:54
- Q:
- 请问sob老师，这个http://sobereva.com/216
- 参考文献是什么？我文章写方法不太会写，谢谢
- A:
- 什么文献？
- 原理是这个，文中提到了J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2, 2001, 1893-1898
- Q:
- [图片]类似于这种的
- A:
- 要引什么？
- 不要发这个图，意义不明
- 引原理，就是刚才那篇
- 引程序，就引Gaussian和Multiwfn
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 13:05:39
- Q:
- [图片]
- 用gamess做EDA分析，得到以上结果。想问一下own basis set，allbasis set， in super mol各部分的区别和联系？请专家们帮一下忙
- A:
- in super mol不用管。all basis set相当于考虑BSSE校正后的值，取这个。own是没考虑BSSE问题的
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 13:25:09
- Q:
- 麻烦问下各位：如果在Amber中对一个蛋白的两端cap残基ACE、NME的话用tleap应该是怎么做
- 直接source后，然后save是吧？
- 谢谢@叮噹小狗
- ，似乎不行唉，我是source leaprc.ff12SB，然后是x=loadpdb my.pdb
- savepdb x final.pdb
- 这样最后出来的末端并不是ACE、NME的
- 对啊，默认的NH3的结尾，而不是ACE的末端的
- ACE的残基不是这样的
- [图片]
- 嗯，是的，就是那个
- 序列的话可以sequence出来，但是蛋白的话就不知道了
- A:
- 用其它程序把ACE、NME在蛋白末端加上，按照amber力场库设定原子名，读入的时候自动就会识别ACE、NME
- Q:
- 似乎也只能这样去做了，谢谢sob老师
- A:
- gview也可以，片段库里都有现成的ACE、NME
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 15:12:22
- Q:
- 请问用PBE0/6-31G**研究含CuBrCNH或CuClCHN的体系的卤键，是否可以接受？
- A:
- 弱相互作用用这个显然不合适
- Q:
- 配合物中含卤键
- 或者应该说通过卤键形成的配合物超分子
- 总共三百个原子
- 那M06-2X比较好吧？
- A:
- 对
- Q:
- 基组的话，作为第五周期元素，B最好对Br考虑相对论效应吗？
- A:
- Br是第四周期
- Q:
- 哦哦哦！！抱歉，很久没看周期表。见笑了
- 那换成M062X/6-31G**就算合格吧？只是6-311G**会更好。是吧？
- A:
- M062X/6-31G**能凑合。311明显更好
- Q:
- 不过6-311G**计算Mayer BO反而不太合适，因为有考虑一部分弥散函数，是吧？但是进行AIM和RDG分析则没问题。
- A:
- 对，有半弥散特征
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 15:14:00
- Q:
- [图片]在VMD中画图，这个标签数字的粗细可以设定吗？看着很不清楚的样子
- A:
- 不能
- Q:
- 那这个不清楚的问题如何解决呢，老师
- A:
- 自行ps写上数字
- 或者在ps里把数字部分选上然后描边
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 15:21:30
- Q:
- 用PM6-D3H4或其他的半经验方法，预优化金属配合物（金属有机的中间体，有羰基配体）作为DFT的初猜，是否合适？
- 观察到优化后M-CO有些bend
- A:
- 如果从直觉上感觉不比自己开始建的更好，多这么一步也没必要
- Q:
- 恩恩 感觉也不太必要
- A:
- 如果初始结构明显觉得信心不足，不合理性较高，那么预优化一下值得
- Q:
- 明白了~~
- 有个朋友告诉过我，用半经验检查Virial的值，V/T。希望对你有帮助
- A:
- 检查这个完全没用
- Q:
- 为什么？
- （为什么要检查这个值）
- 有时候半经验会偏离非常多，计算结果完全不可信
- A:
- 靠这个根本没法判断
- Q:
- 所以啊 老师给的建议是 实在相当不合理没自信 用一下嘛
- A:
- 半经验算出来的-V/T都偏离理应的2.0甚远，这是半经验方法本身的特征
- Q:
- 这个判据 是说不通啦
- V/T合理不能说绝对的好。但能作为污点，说对这个计算半经验存在问题。
- A:
- 完全没有依据
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 15:27:54
- Q:
- sob老师要个完整版的moleculs
- A:
- 把购买内容和选择的付款方式发到molclus主页上的邮箱就行了
- 私聊也可以
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 15:30:39
- Q:
- 既然6-311G**有半弥散性质，那加scf(novaracc)也有帮助收敛的作用？
- A:
- 不会。TZ、QZ的那种半弥散，带来的数值问题远远远远低于弥散函数
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 15:50:25
- Q:
- 谁有百度文库券。帮忙下两个东西
- 【链接】2015年国家公务员考试申论真题及答案(副省级
- http://wenku.baidu.com/link?url=4LeKhqaLfKfw1HxrLZ6j-V3JBe0GAxWO0Vqftt1UDM5cdruom-65P9Kxrt1pndg_9hRZpGOwXkBWL0hcHjq60D__uwlLuLwlsMPQwpKreDe###
- 冰点
- 【链接】2015年国家公务员考试《行测》真题试卷及答
- http://wenku.baidu.com/link?url=IhCS_j_RcNVON30JO809QSF_iaRzyfdzwLgJkQUD_gDiASumS14cBjJvJ7SHbsOiR9uGR9m8XxF5vGA623KNSVHNKnZzxU23FoKojEXCtQO###
- 估计她还是不懂
- 多谢！
- 用·冰点·下
- ....哈哈哈哈
- 冰点是什么东西
- 哈哈哈看看看
- A:
- 求化学相关的文章也就罢了，还求这些无关的东西
- Q:
- [emoji][emoji][emoji]
- A:
- [图片]
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 15:57:38
- Q:
- 请教一个高斯计算发射光谱的问题，在优化S1态的时候使用了TD+opt，在log文件中，最后一步构型之后有三个电子跃迁的性质，这里的S1的跃迁就是发射光谱吗？我把得到的激发态结构保存出来，接着做了一遍TD，泛函和基组选择和优化激发态是一样的，但是得到的S1的跃迁性质是不一样的，请问是该取再优化得到的激发态结构上再做一遍TD的结果，是吗？
- 这是激发态构型优化得到的log数据
- [图片]
- 这是在激发态结构下再做td得到的log中的数据
- [图片]
- 只有一个
- A:
- 你看看基态能量是否一样
- 两次计算nstates都用默认的？
- Q:
- 基态能量是一样的
- nstates取得是不一样的
- 优化过程中取得默认3
- A:
- 取一样，否则肯定有差别
- 取得多的更准确
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 16:29:52
- Q:
- 请问，NWChem软件分子力学部分用的是什么力场？
- A:
- Amber、CHARMM
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 16:45:39
- Q:
- 老师，KiSThelP只能读取.out文件吗，我用linux系统下计算输出的log怎么载入不了呢？
- A:
- 改后缀
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.18 17:12:41
- Q:
- NWChem 软件有什么缺点？
- A:
- [图片]
- Q:
- 简直完美，缺点可以忽略。
- A:
- 完全不可以忽略
- Q:
- [表情]
- 这个很重要？
- [图片]
- A:
- 而且很多东西不是体现在列出的feature上的
- 亲自实际一用才会明白
- Q:
- 缺乏好的可视化程序 忽略脑袋
- 支持K20C这样的的GPU吗？
- A:
- 肯定能支持
- Q:
- 这点是强过Gaussian
- A:
- 大多数量化程序，相对于高斯的缺点，远比相对于高斯的优点多得多
- Q:
- 高斯是少林武当
- 是不是其他量化软件都是基于高斯
- A:
- 否
- 高斯就是量化界的windows
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.19 00:28:31
- Q:
- 请教：pcm和cpcm模型有本质区别吗？
- A:
- 结果上没多少差异
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.19 00:28:31
- Q:
- 请问各位老师，even—tempered basis set，怎么翻译？
- A:
- 最好别翻译。翻译完了谁也看不懂
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.19 07:46:59
- Q:
- 还是取缔四六级考试比较好，四六级遗祸无穷，误导教育方向
- A:
- 应该先把考研政治取缔掉，纯属祸害考生
- 四六级好歹还能稍微逼学生学点有用的
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.19 10:17:33
- Q:
- 请问一下，win7 64位系统，装32位高斯09会有兼容方面的问题吗？
- A:
- 不
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.19 11:46:44
- Q:
- %mem=10gb
- %nproc=12
- # opt=(calcfc,ts,noei,maxcyc=666) freq b3lyp/AUG-cc-pVTZ scf=(maxcyc=666,tight)
- 老师%mem=10gb
- %nproc=12
- # opt=(calcfc,ts,noei,maxcyc=666) freq b3lyp/AUG-cc-pVTZ scf=(maxcyc=666,tight)
- 老师，这是我优化过渡态的机组
- [图片]
- A:
- maxcyc设得越大，水平越低
- Q:
- 这是能量的变化，还没有优化完，是不是等这个曲线升上去才优化完了？
- 整数取多少？
- A:
- 才6步着什么急
- Q:
- [图片]老师，是不是等这个升上去，才优化完了？
- 我优化了30多个小时了，这个过渡态
- 是不是用这个命令太慢了
- A:
- 用这基组，是自找的
- # opt(calcfc,ts,noeigen) freq b3lyp/6-311G**足矣
- Q:
- 我是看的一篇文献，文献上是用这个基组算的，所以我也算一下
- A:
- 尽信文献不如无文献
- Q:
- 这个基组文献也用了，他是和这个命令对比的# opt=(calcfc,ts,noei,maxcyc=666) freq b3lyp/AUG-cc-pVTZ
- A:
- aug-cc-pVTZ给传统DFT用还拿来优化，纯属作者经验不足
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.19 11:51:15
- Q:
- 你的multiWfn中画图软件部分是你自己设计的吧
- A:
- dislin图形库
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.19 11:54:17
- Q:
- 老师那这个命令没错误吧
- # opt=(calcfc,ts,noei,maxcyc=666) freq b3lyp/AUG-cc-pVTZ scf=(maxcyc=666,tight)
- A:
- 这就跟拿高性能服务器玩扫雷一样
- Q:
- 666匪夷所思
- 这也是风格，不过对计算不利
- 666这个有什么用吗？我研一不太懂这个
- 老师，888和666什么区别
- Lucky Numbers? 哈哈哈
- 这个你可以去搜搜maxcyc这个关键词
- A:
- 作者是个菜，用666保佑能顺利收敛
- Q:
- 哈哈哈哈哈哈我猜也是 哈哈哈哈
- A:
- 搞量化不懂理论就会闹笑话
- Q:
- 懂理论才能分析深入
- A:
- 基础理论不懂连操作员都当不好，只会白白浪费青春和计算姬
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.19 12:47:32
- Q:
- 各位英雄好汉，这篇文章中http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp5032702，里面提到的信息增益是怎样求得的，可以用Multiwfn求么？
- A:
- 可
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.19 12:56:43
- Q:
- 请问sob,左克到底是一位什么人
- zork
- 感觉早期的gaussian文章好多都是他撰写的
- @Sobereva
- A:
- 就是公社论坛的beefly，以前是北大刘文剑组的，后来出国了，水平很高，尤其是在相对论量子化学这块造诣很深
- 拼音是Zou wenli
- Q:
- 原来是他啊，幸会幸会
- 好像Gaussian手册是他翻译的？
- A:
- 对，高斯、molpro、molcas都翻译过
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.19 13:09:56
- Q:
- 如果量子计算机出来了
- 那个时候搜索过渡态估计比现在快的不是一点点
- 因为无数个可能性都能考虑到
- A:
- 到时候就能痛快跑AIMD了
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.19 14:06:20
- Q:
- 请问Multiwfn在没有图形界面的linux能使用吗，我不需要画图，只是要算下transition dipole的数值
- A:
- 能
- Q:
- 是 ./Multiwfn这样打开吗
- A:
- y
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.19 14:10:54
- Q:
- 刚刚我看了手册，好像没有关于利用Multiwfn计算information gain的方法指南，帮主帖子里面http://sobereva.com/257，也没有详说，求操作...谢谢了
- A:
- 为什么要算这个？如果为了实用目的，算Hirshfeld电荷就够了
- 手册2.7节给出的一大堆实空间函数里有计算信息增量要用的函数，用主功能15模糊空间分析功能，或者主功能17盆分析功能，对相应的函数进行积分就行了
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.19 15:24:03
- Q:
- 老师，你好 说明书中4.7.3中提到的这些数值是程序直接给出来的，还是自己手动算的？[图片]
- A:
- 前三列直接给出，后三列根据手册里的式子加加减减就出来
- Q:
- 前三列的数据是根据4.7.1得出的吗[图片]
- A:
- 用什么原子电荷都行，手册里是用Hirshfeld电荷，最适合这个目的
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.19 22:19:00
- Q:
- 老师我想问一下，怎么判断两个原子之间是否成键，我计算得到一个分子，我对其中一个键存在异议，虽然其距离在成键范围内，但是我感觉两原子之间没有成键，我应该怎么去证明呢？@Sobereva
- 我计算得到的mayer键级是0.35 (Th-C)这样算成键吗？
- A:
- 成键没有确切的标准只能说强弱
- 0.35已经不算没有作用了
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.19 22:19:45
- Q:
- 激发态的偶极矩和相互之间的跃迁偶极可以用Multiwfn算，如果只用高斯是否也能算？
- A:
- 激发态偶极矩高斯直接输出，只要你用了density关键词
- 激发态之间的跃迁偶极矩仅对于CIS能直接给出，TD的必须用Multiwfn
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.19 22:22:21
- Q:
- 请问一下 老师，是不是所有反应都存在过渡态，存不存在没有过渡态的反应……有没有相关著作讨论过这个问题
- 如何判断一个反应一定有过渡态呢
- A:
- 没过渡态的反应多了去了
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.19 22:22:21
- Q:
- 请问下amber14的版权在哪里买呢
- A:
- 直接找amber官方订购
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.19 22:37:43
- Q:
- 老师，我要计算ECD，可以参考什么文献啊，谢谢您啊
- A:
- Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
- http://sobereva.com/252
-
- 第3节说得很详细
- 使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
- http://sobereva.com/224
- Q:
- 老师，您好，我要计算ECD，可以参考什么文献啊，谢谢您啊
- A:
- 刚回答完
- Multiwfn结合高斯直接绘制ECD
- 如果要考虑多个构象平均，参考此贴做构象搜索
- 构象搜索gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
- http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2388
- 使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
- http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
-
- 然后把Multiwfn产生的每个构象的ECD曲线放到origin里加权平均作图
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.19 23:41:41
- Q:
- 请教各位老师
- 如何在fortran程序中加入编译器、主机名、账户名等信息？
- A:
- 这体现不出来
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.20 10:18:55
- Q:
- 请问，高斯加色散校正，应该加什么关键词呢？
- 看有关文献是“IOP (3/124 = 3) was used to make
- the Grimme dispersion corrections”
- 请问，它们意思一样吗？
- IOP (3/124 = 3) 要用G09D01的版本？
- A:
- DFT-D色散校正的使用
- http://sobereva.com/210
- 甭用IOp
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.20 11:14:03
- Q:
- 娃娃有没有用过paramfit
- 看了下它的paper感觉算法挺麻烦 想知道这个程序运行大概有多耗时
- A:
- 拟合力场参数的，amber自带
- 算法倒不复杂，耗时关键看量化计算那一大批单点能
- Q:
- 对啊 要做很多QM计算
- 还是做一堆堆计算试出来的
- 三点那也不多…
- A:
- paramfit是随机取一堆结构，让力场能量拟合量化的单点。这样拟合可以把力场项的耦合考虑进去
- Q:
- amber里用的参数都是这个程序来的？
- A:
- 这是后来才加入的，适合自己弄参数，以前的amber/gaff力场参数都不是这样来的
- Q:
- 以前的是？
- 感觉那些参数好多年不变
- 没人用新方法全再做一遍吗（。
- A:
- 老力场，缝缝补补调来调去，参数弄一大堆补丁，已经弄得比较好了，和实验对得不错，比较稳健
- 一下子弄个原理上很好的新方法搞，搞出来肯定还不如之前的参数
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.20 11:17:15
- Q:
- 请教M06-2x方法较其他泛函比如B3LYP 包含了什么校正？为什么可以用于弱作用的计算
- A:
- 这里都提了
- 乱谈DFT-D
- http://sobereva.com/83
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.20 11:32:54
- Q:
- 请问，M06-L方法是已经考虑色散校正了吗？谢谢~
- A:
- 没考虑色散校正
- 只能粗略地表现一点色散作用
- 是否考虑色散校正和能否表现色散作用是两码事
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.20 14:38:56
- Q:
- 请问，为什么色散校正不要用Iop呢？谢谢。如果没有G09D01的版本，是不是还得用iop呢？
- A:
- IOp来设置本来就是半成品
- 起码你拿D01对比一下，确认IOp的结果和D01用empiricaldispersion一致
- Q:
- 那在使用iop时是 不同方法要加的关键词是不是不一样呢？@Sobereva
- A:
- 我根本不用IOp来干这个
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.20 14:41:18
- Q:
- 有关静电势数值的问题，静电势的数值有个大小的界定吗？
- A:
- 无
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.20 14:43:01
- Q:
- 用antechamber拟合参数，和用parafit 拟合参数，有什么区别？
- A:
- antechamber的目的在于，能用gaff直接指认gaff，剩下个别找不到的参数用半经验估一个
- paramfit是完整地对一个分子拟合一套参数，精度取决于单点能计算的精度，级别自己可控
- Q:
- sob这段儿我要写2K字才能写清楚
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.20 15:39:22
- Q:
- 咨询一下，materials studio是不是有类似于高斯view这样的建模界面？谢谢
- A:
- 是
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.20 15:54:05
- Q:
- 请问：色散校正会影响振动频率吗？能否只优化结构不算频率。@Sobereva
- A:
- 显然影响
- Q:
- 好的，谢谢老师！
- A:
- 影响的是势能面，一切与势能面有关的东西都会受到影响
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.20 16:51:30
- Q:
- 咨询一下material studio的安装问题：我对照网上的流程安装，但是没有找到这个msi.lic。
- [图片]
- 当时有类似安装的吗？谢谢
- A:
- 群共享有lic
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.21 03:10:57
- Q:
- 各位高手：M06-2X是不是基本上等同于B3LYP呢？
- 不怎么懂，只是看到暑期培训班上的讲义上说M06-2X有望取代B3LYP
- 看了一些文献，都用上了M06-2X
- 不怎么懂，只是看到暑期培训班上的讲义上说M06-2X有望取代B3LYP，看了一些文献，都用上了M06-2X，M06-2X肯定是要贵很多，如果还是用b3lyp的话，精度上是不是还可以接受？
- @0188
- /抱拳见笑。
- [表情]见笑。
- 各位，求赐教。。
- 哦 。。。。好的 谢谢了 @乐平
- 我再了解了解。
- A:
- M06-2X比B3LYP贵一倍多，泛函特征相差很大，光是HF成份就差了一倍多。大多数问题比B3LYP强，少数问题比B3LYP弱
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.21 03:11:16
- Q:
- 菜鸟请教Linux下怎么安装G09 之前没用过Linux系统/可怜谢谢
- Linux版的molclus怎么安装？
- A:
- 不需要安装，直接运行。
- 帖子里从没说要安装
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.21 03:14:58
- Q:
- sob,刚刚看你的关于MD的PPT，这里面都没提到amoeba
- [图片]
- amoeba做蛋白质生物分子的模拟方面也是很不错的，应该加入
- 我现在就用amoeba，挺好的啊
- 做dynamic，确实，计算有点耗时间
- tinker
- 是吗，没用过gromacs，不清楚，gromacs有什么优势？除了你说的速度快？
- A:
- 因为不常用，所以没提它
-
- gmx速度是最快的，和你用tinker+amoeba比较一下一个天上一个地下
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.21 03:14:58
- Q:
- 请问老师，如果用M06-L方法，色散校正对应着如图：
- [图片]
- [图片]
- [图片]
- 请问老师，如果用M06-L方法，色散校正对应着如图：
- [图片]
- [图片]
- [图片]
- 图中的“3”还是“30或40”呢？@Sobereva
-
- 图中的“3”还是“30或40”呢？@Sobereva
- A:
- 根D.01D的结果一对就知道
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.21 03:14:58
- Q:
- [图片] 这是multiwfn中的关于缺钱密度的矩阵分析的例子，不知道怎么把横纵坐标中的原子序号 和 一开始输入文件中各原子的序号对上。这个图里面是省略了氢原子的。
- 打错了 是跃迁密度矩阵。
- A:
- 横坐标就是序号，和结构图中的序号一对照就知道
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.21 09:17:57
- Q:
- 请问此图[图片]中的[图片]是振动量子数吗？
- A:
- 是
- Q:
- 谢谢Sob老师
- Sob老师高斯09计算电离过程的振动分辨的电子光谱是加入了关键词ForcedFCCalc可以正常完成，但输出文件中没有[图片]这部分信息，是我的体系不适合吗？
- A:
- 你看结果图形正常就行
- Q:
- Sob老师这种图形是不是还要分析振动量子数从0到几跃迁呀？比如上图中的0-4,0-5等等
- [图片]老师，做出的激发态跃迁矩阵对角元上没有太多因跃迁造成的电荷变化。怎么分析这个图呢。目前只能看出来这种激发模式主要涉及哪些基团。
- A:
- 你要分析电荷变化用密度差图、原子电荷变化来讨论
- 当前这图也就反映出电子激发涉及什么区域
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.21 09:36:15
- Q:
- 老师，我想问下在wb97xd和b3lyp中选择的话用哪种方法计算能量更准确呢？
- A:
- 看体系
- 简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
- http://sobereva.com/272
- 和算什么也有关系
- Q:
- 对于甘油三酸脂来说呢？只算分子能量
- 嗷嗷，晓得了
- A:
- 用M06-2X
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.21 09:50:19
- Q:
- 有人能共享一个intel parallel studio 2015 cluster licence for Linux吗？着急用，谢谢了。
- A:
- http://pan.baidu.com/s/1pJyow5t
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.21 09:58:14
- Q:
- triple-zeta quality basis set是什么基组啊？是TZVP还是def2tzvp?能用于Ru吗？
- A:
- 是一类
- 这俩都算，后者能用
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.21 10:11:06
- Q:
- dft
- abinito
- first principle
- 三者什么关系，dft算是ab initio么？
- 网上介绍的也没说的太清楚的，都是有些模棱两可，有没有权威的定义
- A:
- 这是我以前给别人的回复：
-
- 通常说的量子化学是通过量子力学方法研究孤立体系（分子、团簇），而第一性原理是搞物理的人爱用的词，一般是通过量子力学方法研究周期性体系，特别是材料，搞化学的则倾向于称为固体量子化学。
-
- 量子化学里面，HF、后HF、多参考方法、量子蒙特卡罗、密度矩阵重整化群等等都算ab initio，半经验方法不算ab initio，这是毫无疑问的。DFT怎么分不同人看法不同，也没必要纠结这个，泛函很多，有的带经验参数（特别是明尼苏达系列拟合参数都拟合疯了，但绝对不能因此
- 把这和PM3、AM1那些半经验方法方法混淆），有的不带经验参数比如PBE。如今更清晰的划分是分为波函数方法和DFT，这就没有含糊性了。
-
- 量子化学和第一性原理计算都用到DFT。量化领域可以说如今>75%都是基于DFT做的，而第一性原理计算>95%都是基于DFT的。
- Q:
- 这个是在论坛里有的
- 额....我以后上论坛先搜一遍再问问题，审稿人说基于dft的cpmd不算是aimd，我不知道怎么准确回答他，我只觉得那个审稿人非要纠结这个，我有点.....
- A:
- 算AIMD
- Q:
- 我觉得也算吧
- A:
- 审稿人也是闲得慌
- Q:
- cpmd和bomd有区别吗
- A:
- 有
- Q:
- 我不屌他
- 还是
- 阐述一遍“关于这个很多人分不清，我想在这里没必要纠结？？”
- 奥奥 能请教一下区别在哪儿吗？
- A:
- BOMD原理最简单，就是当前结构算一下核的受力（诸如force关键词输出的），然后按照受力和之前的速度用诸如verlet之类的方法走一步，然后再算受力...和经典力场的分子动力学差不多，只不过受力是量化算的
-
- CPMD复杂一些，额外考虑电子波函数的运动，不像BOMD那样每一步的波函数都要迭代到收敛。
-
- 各有利弊
- Q:
- 好的 学习了 谢谢sob老师
- 这二者都算是AIMD吧？
- A:
- 对
- 但是如果你用半经验方法做BOMD，就不算了
- 比如PM6+BOMD
- Q:
- 貌似cpmd解决了Born-Oppenheimer近似的问题，第一次将核的动能项写在了拉格朗日变量当中去，好像是这么回事，cp的动力学引入了电子的虚拟质量，让电子和核一起运动
-
- 看一下ChemAndy的帖子
- http://emuch.net/html/201105/3084763.html
- 或者cpmd基本原理的帖子
- http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2393&extra=page%3D1%26filter%3Dtypeid%26typeid%3D52
- aimd可以用来研究化学反应上面吗？
- A:
- 可以
- Q:
- 如果用gaussian算，可以玩玩admp
- 目前有没有比较好的用aimd研究化学反应的综述文章？
- A:
- BOMD原理没有任何问题，只是数值计算上，能量保守性不如CPMD
- Q:
- 高斯的aimd有PBC吗？
- A:
- 没有
- 高斯的PBC干不了什么事
- Q:
- aimd不需要pbc吗？
- A:
- 不是必须需要。正如力场的MD也不是必须用PBC，如果跑孤立体系的话
- 比如跑个气相小分子的热分解，和PBC完全无关
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.21 10:27:56
- Q:
- 嗯，高斯的PBC没什么用，没有K点
- A:
- 高斯有k点，只不过没法灵活设置
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.21 10:28:17
- Q:
- 是不是真正的从头算就不可能实现？
- A:
- HF就是根正苗红的从头算
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.21 10:29:53
- Q:
- 老师我在算NMR的时候发现横坐标化学位移差别好大，我也参考了http://cheshirenmr.info/MoleculeSets.htm这里的方法和机组，依旧差别很大，问题在哪里老师？我把log文件发给你看一下？@Sobereva
- A:
- 我不看log
- 用B97-2/def2-TZVP，算碳氢NMR误差不会多大
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.21 10:37:10
- Q:
- 请教对于同一体系 开壳层与闭壳层 对其结构和性质有什么影响？
- 也就是开壳层闭壳层的结构和性质有什么不同
- 我只知道开壳层计算的比闭壳层慢 但是其他的就不知道了
- 比如说这两者的分子结构相同么
- 或者说开壳层的是不是比闭壳层的更容易激发？
- @Radioactive
- 关于开壳层和闭壳层，还是看H2分子的势能线来理解最方便
- 对于是否容易激发与否我不了解，但是高斯计算当中的根据你的自旋多重度就系统会自动的给你开壳与闭壳，当然你也可以强制的更改开壳与闭壳
- [表情] 可否解释一下
- A:
- 你这问题无从下手回答，只能给你幻灯片补补基础
- [图片]
- [图片]
- [图片]
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.21 10:38:23
- Q:
- 关于aimd 大家有什么好的入门教程吗？
- A:
- 网上搜Introduction to Ab Initio Molecular Dynamics可以找到hutter写的一个lecture notes可以看看
- 他也有专门的专著Ab Initio Molecular Dynamics-Basic Theory and Advanced Methods
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.21 10:39:44
- Q:
- 麻烦问一下 这个软件可以找到 charge transfer 和formed to obtain the stabilization energy by second order perturbation theory, E .
- 我想研究NBO
- @@Sobereva
- A:
- 不光问得很含糊，连语文都不过关
- Q:
- 麻烦问一下 这个软件可以找到 charge transfer 和formed to obtain the stabilization energy by second order perturbation theory, E . 我想研究NBO
- @Sobereva
- A:
- 而且还连续发送，又是大字报
- 都应该记半次违规了
- 不懂NBO就把这些看了
- NBO分析资料汇总
- http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.21 10:41:45
- Q:
- [图片][图片]老师，我用B3LYP算NMR没报错，但是一换到B97-2就识别不了溶剂DMSO了，怎么回事？@Sobereva
- A:
- B972/def2TZVP
- =giao是多余的，这是默认的
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.21 11:54:48
- Q:
- 请问g09D01支持aug-cc-pvtz-pp吗？
- A:
- 必须从EMSL上弄
-
-
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.21 12:10:06
- Q:
- ms中跑分子动力学是不是必须得建盒子
- A:
- 不是
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.21 12:19:33
- Q:
- 想问下各位老师，做大分子自聚，自聚体的初始结构怎么得到，随便放到盒子里跑个动力学，还是有其他比较靠谱的方法
- A:
- 要么跑动力学，要么用molclus里带的genmer生成
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.21 13:01:55
- Q:
- 各位老师，量化 有什么手段可以表征 分子的稳定性呢？
- A:
- 关于稳定性参考这些帖子和回帖
- http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=600
- http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1137
- http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1207
- http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1272
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.21 15:10:51
- A:
- 真能发
- [图片]
- Q:
- 。。。Truhlar
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.21 15:44:40
- Q:
- 各位老师，求教！我做了一个分子的激发态计算，得到了分子的紫外光谱如图所示，实验得到的图与不加溶剂化时得到的图相差不多，却与加溶剂化时得到的图相差很多，溶剂为水，这是咋么回事呢[图片]
- 实验是在水溶剂中测试得到的
- 这个加溶剂化的模拟图本应该是更贴近实验图，现在却相反了，不加溶剂模拟的图更贴近实验图了，咋回事呢，怕有氢质子转移效应，我把分子中的H质子也全删了再算了一次，和这个图也差不多
- A:
- 计算不能乱加溶剂。本身你实验时候就没水，你溶剂模型还用极性这么强的溶剂，肯定相差甚巨。
- ----------------------------------------------------
- 2015.12.21 15:49:48
- Q:
- 老师，您好！我想问一下，我在进行mulliken轨道成分分析的时候有的成分给出的是负值，负值代表什么意思，贡献值比较的时候是取他们的绝对值吗？@Sobereva
- A:
- 看群共享里 分子轨道成分的计算，里面讨论很详细
- 高阶空轨道，或者带弥散函数的时候，负值很正常，如果负值很明显，说明Mulliken方法不适用
- Q:
- 嗯，谢谢老师
- NBO能更好一点
- 。。。越来越觉得NBO不靠谱
- 在我掌握的知识里还是够的
- A:
- NAO方法计算轨道成份虽然不错，但是不适合空轨道
- Q:
- 剩下的不清楚的就不乱发言了
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发表于 Post on 2015-12-23 13:27:00
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