求助：用Multiwfn计算新残基的原子电荷

芮啦 · 发表于 Post on 2021-7-20 00:35:08

各位老师好，我现在正学习使用Gromacs来模拟适配体和金属离子的结合情况。我想要通过控制DNA链上各碱基的质子化状态来模拟不同的pH范围，以此来探究适配体和金属离子在不同酸碱环境下的结合情况（所用力场是CHARMM27力场）。在对DNA链上的碱基脱质子之后，需要计算脱质子后的新残基上的原子电荷，我想借助Multiwfn计算RSEP电荷，希望请教一下各位老师：

1.在对鸟嘌呤脱质子后，希望计算此残基上的原子电荷，请问能用什么基团或片段对鸟嘌呤进行封闭以模拟残基在单链DNA上的情况；

2.能用TGT片段中两端的T对中间的G进行封闭而求得中间的G的原子电荷分布吗；
3.我的DNA链的结构是固定的，将脱质子的残基摘出来计算RESP电荷必须经过结构优化，请问若在使用Gaussian对结构进行优化后，如果残基构型发生较大变化，那么计算出来的电荷还适用于我脱掉质子但未经结构优化的残基上吗

麻烦各位老师指点一下，不胜感激

芮啦 · 发表于 Post on 2021-7-20 19:50:35

sobereva 发表于 2021-7-20 18:57
在Gaussian中做限制性优化的方法
http://sobereva.com/404（http://bbs.keinsci.com/thread-9022-1-1.ht ...

谢谢sob老师的指点

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-20 18:57:37

芮啦发表于 2021-7-20 09:51
非常感谢sob老师的回复，因为之前没有使用GaussView和Gaussian，所以现在才开始学习它们的操作，还想烦请 ...

在Gaussian中做限制性优化的方法
http://sobereva.com/404（http://bbs.keinsci.com/thread-9022-1-1.html）

芮啦 · 发表于 Post on 2021-7-20 09:51:43

sobereva 发表于 2021-7-20 01:50
1 取你原先体系鸟嘌呤及两侧各一个相邻的残基作为模型体系

2 可以

非常感谢sob老师的回复，因为之前没有使用GaussView和Gaussian，所以现在才开始学习它们的操作，还想烦请老师指点一下，在结构优化时怎样把需要固定的部分固定住呢，比如把TGT片段中的G固定住，麻烦老师了

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-20 01:50:00

1 取你原先体系鸟嘌呤及两侧各一个相邻的残基作为模型体系

2 可以

3 并非必须需要经过整体的结构优化。可以优化时把需要固定的部分固定住

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