求助：gromacs如何在多次重复计算时得到对应的计算结果？

溪临昭煌

我使用gromacs计算原始酶和突变体的rmsd值的时候两个分别独立运行了十次，原始酶的rmsd波动在5-9，突变体的rmsd波动在4-8,如何让相同次数的rmsd值有对应关系呢？比如：野生型为5和9时，突变体分别为4和8，而不是8和4

溪临昭煌

sobereva 发表于 2021-8-1 06:27
原理上没法实现。本身动力学有很强的混沌效应，即便是在初速度中让除了突变的残基外的原子速度都一样，也没 ...

明白了，谢谢老师的耐心回复。

sobereva

原理上没法实现。本身动力学有很强的混沌效应，即便是在初速度中让除了突变的残基外的原子速度都一样，也没法保证这点。
本来也没必要去拿每一条轨迹对两种情况来对比。应当是先对各个状态计算的多条轨迹或者一条很长的轨迹的RMSD变化进行统计，然后再彼此对比。比如可以对两个状态都绘制一个RMSD值的概率分布图，然后叠加显示，就能清楚看出来突变对RMSD波动范围、分布的影响。