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[GROMACS] 求助CH2CF2单体连接成的长链体系散开问题

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楼主
老师,您好,我的模型是一条由CH2CF2单体连接成的具有84个重复单元的长链,我就进行了能量最小化,我看了一下结构文件,为什么模型都成了分开的一个又一个的小单元呢?
附上自己的mdp、gro、topol、itp文件,麻烦老师了。

PVDF84gv1-1_box.gro

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em.mdp

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topol.top

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chain.itp

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发表于 Post on 2021-8-9 19:18:06 | 只看该作者 Only view this author
跑MD,如果只是没显示出C-C键长,但是C-C键长还是在合理范围,就不用管,纯粹是VMD判断的问题
仔细看此文
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-8 15:48:55 | 只看该作者 Only view this author
老师,这是能量最小化之后的结构

QQ图片20210808154726.png (105.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

这是能量最小化之后的结构图片

这是能量最小化之后的结构图片

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