MOPAC载入输入文件始终报错

小萌薇 · 发表于 Post on 2021-8-17 15:34:50

仿照卢老师给的构型搜索的例子（使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索 - 量子化学 - 计算化学公社 (keinsci.com)），对用Gromacs产生的轨迹做构型搜索。按照说明安装好molculs和mopac后，将traj.xyz文件放置molcus的目录下，随后拖动template.mop文件到桌面mopac快捷方式，显示数据集文件前几行可能有空行存在。认真检查了traj.xyz文件以及template.mop文件（template.mop文件是copy卢老师例子里的）发现并没有空行。请问各位老师和同学有遇到过这个问题吗？

小萌薇 · 发表于 Post on 2021-8-20 17:19:53

sobereva 发表于 2021-8-20 06:39
你应当用genmer+molclus做构型搜索，诸如考察两个分子结合的各种可能性就对二聚体构型搜索、考察三个分子 ...

好的，谢谢卢老师的建议

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-20 06:39:07

小萌薇发表于 2021-8-19 15:44
抱歉老师，我打字失误了。我是想算我这150分子的构型分布，也就是形成的氢键聚集体的种类，以及能量排序 ...

你应当用genmer+molclus做构型搜索，诸如考察两个分子结合的各种可能性就对二聚体构型搜索、考察三个分子结合的各种可能结构就用三聚体构型搜索，没有人用150个分子直接暴力计算的，就算算完了你也没法分析。

参考
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

小萌薇 · 发表于 Post on 2021-8-19 15:44:36

sobereva 发表于 2021-8-19 02:09
你严重缺乏量化计算常识
哪能直接跑这种规模的体系
先说清楚你到底对什么体系要研究什么。考察构象分布 ...

抱歉老师，我打字失误了。我是想算我这150分子的构型分布，也就是形成的氢键聚集体的种类，以及能量排序。仿照的是您计算水分子构型分布的例子。

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-19 02:09:01

小萌薇发表于 2021-8-18 16:15
谢谢科普。我是要用molclus计算一个大体系（150个分子共6000个原子）里的构象分布，参考的是卢老师发的博 ...

你严重缺乏量化计算常识
哪能直接跑这种规模的体系
先说清楚你到底对什么体系要研究什么。考察构象分布明显应当用单个分子，周围其它分子的环境靠溶剂模型表现。直接算150个干嘛，我的molclus帖子里的所有例子从来没有这么算的

小萌薇 · 发表于 Post on 2021-8-18 16:15:30

snljty 发表于 2021-8-18 16:09
arc = archive是MOPAC输出的存档文件...先检查你的输出文件MOPAC.out的内容。如果只有这一个结构，没必要 ...

谢谢科普。我是要用molclus计算一个大体系（150个分子共6000个原子）里的构象分布，参考的是卢老师发的博文，可以双击molclus.exe直接调用mopac,在template.mop中我也开了MOZYME。只是双击molclus.exe后，显示Cannot found MOPAC.arc, the task may be failed。mopacs下载下来并没有.arc文件，所以暂时没有找到解决的方法。

snljty · 发表于 Post on 2021-8-18 16:09:06

小萌薇发表于 2021-8-18 15:38
好的，我重新读了老师的博文，是我自己懵了，把mopac官网给的如何运行mopacs的指令与molculs自动调用mopa ...

arc = archive是MOPAC输出的存档文件...先检查你的输出文件MOPAC.out的内容。如果只有这一个结构，没必要用molclus调用，直接跑就行。顺便，如果你结构里真有6000个原子，按你原来的关键词不开MOZYME肯定算不动。

小萌薇 · 发表于 Post on 2021-8-18 15:38:17

sobereva 发表于 2021-8-17 20:18
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

好的，我重新读了老师的博文，是我自己懵了，把mopac官网给的如何运行mopacs的指令与molculs自动调用mopac程序的指令混淆了。请问老师，在后续的计算中遇到 Cannot found MOPAC.arc, the task may be failed的报错该怎么解决呢？下载安装好的mopac里并没有自带mopac.arc的文件。

小萌薇 · 发表于 Post on 2021-8-18 15:33:38

snljty 发表于 2021-8-17 15:48
template文件里又没有原子信息，只是个模板，当然不能交给MOPAC算。再认真看一下卢老师的博文。要么把[GEOM ...

非常感谢，我又认真读了一遍卢老师的博文，是我自己懵了。并且也用上了你建议的关键词。但是我在windows的机子上运行后，molculs上显示
Current date: 2021-08-18 Time: 15:19:21
Loading geometry 10 from the inputted geometry file
Generating MOPAC.mop...
Running MOPAC: "C:\Program Files\MOPAC\MOPAC2016.exe" MOPAC.mop
Cannot found MOPAC.arc, the task may be failed
Wall clock time elapsed for calculating this configuration:我检查了mpoca,安装和激活没有问题，molclus也按照博文设置好了参数，但总是报错Cannot found MOPAC.arc。同学可以再给我一些建议吗？

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-17 20:18:28

使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

我帖子里从来没让你把template.mop自己手动给MOPAC计算。template.mop是被molclus利用的。此文件里连坐标都没有，MOPAC能直接给你算成功就新鲜了

snljty · 发表于 Post on 2021-8-17 15:48:40

template文件里又没有原子信息，只是个模板，当然不能交给MOPAC算。再认真看一下卢老师的博文。要么把[GEOMETRY]换成你的坐标然后用MOPAC算，要么双击molclus.exe用molclus调用MOPAC算。
顺便，6000个原子，不开MOZYME别想算的动。

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[MOPAC] MOPAC载入输入文件始终报错