同时运行多个mop文件CPU占用率的问题

xh789 · 发表于 Post on 2021-8-20 22:49:39

集群CPU是Intel(R) Xeon(R) Gold 6230，有80个核心，申请了16个核的资源以后在服务器上用脚本同时算2个结构CPU占用率100%(正常速度)，算4个结构CPU占用率50%(实际耗时翻倍)，算8个结构CPU占用率25%(实际耗时4倍)，计算速度也对应变慢了，输入文件写了THREADS=1，请问计算速度是被CPU的线程数限制了吗？还是MOPAC程序的问题？
有没有办法一个核心对应一个进程呢？
谢谢大家

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-21 14:15:34

MOPAC并行效率很低，都用一个核跑就完了，跑几个提交几个

abin · 发表于 Post on 2021-8-21 08:40:33

双路6230是40个核心，合计80线程。

申请16个核心，就是给你8个物理核心，看上去有16个线程。

看具体调度限定。
如果通过脚本仅仅是要了16核心，
然后手动去节点工作，
那么你可能仅仅在玩这八个物理核心。

关键是，你的描述中，我没有看清楚，
你是通过脚本来操作计算，
还是手动操作计算。

还有一种可能是，PMI设定错误。

根据以上关键词，看手册，自己捣鼓吧。

xh789 · 发表于 Post on 2021-8-21 05:52:31

abin 发表于 2021-8-21 00:32
使用资源调度器而非手动绕开调度器来操作。

至少slurm可以钉死核心。

用的确实是slurm，是slurm的限制的问题吗

abin · 发表于 Post on 2021-8-21 00:32:15

使用资源调度器而非手动绕开调度器来操作。

至少slurm可以钉死核心。

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[MOPAC] 同时运行多个mop文件CPU占用率的问题