无法生成mopac.arc文件导致isomers.xyz没有写入任何数据。

小萌薇 · 发表于 Post on 2021-9-1 16:05:03

遇到一个大神看来可能是小菜一碟，我自己却被绊住很久的问题。使用卢老师例子中水的traj.xyz文件，用molclus调用mopac计算水分子构型，此过程没有任何问题，输出文件与老师例子中的没有差别。然而，用自己的traj.xyz进行相同计算，在产生的mopac.out文件中显示任务正常结束，见图一。但是molculs界面显示找不到mopac.arc文件导致isomers.xyz没有写入任何数据，见图二。所用系统为工作站的windows系统。个人猜测不知道是否是内存不够无法输出。在此请教各位有经验的老师。

小萌薇 · 发表于 Post on 2021-9-3 09:38:06

sobereva 发表于 2021-9-3 01:36
你本来就是在以错误的方式做计算，模型就完全错误，白白浪费巨量计算资源，什么有用的也得不到

好的，谢谢老师的解答。我换个思路再做。

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-3 01:36:56

小萌薇发表于 2021-9-2 22:24
老师，运行时间限制可以更改吗？如果不可以的话，我原来的思路可能就是根本行不通的。

你本来就是在以错误的方式做计算，模型就完全错误，白白浪费巨量计算资源，什么有用的也得不到

小萌薇 · 发表于 Post on 2021-9-2 22:24:18

sobereva 发表于 2021-9-2 21:43
你的体系明明有6000个原子，输出文件打开一看便知。别拿单体的原子数说事

输出文件里能看到

老师，运行时间限制可以更改吗？如果不可以的话，我原来的思路可能就是根本行不通的。

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-2 21:43:43

小萌薇发表于 2021-9-1 17:07
老师，我这个体系是有150个小分子。我看体系也是正常几何优化结束了，不知道是不是体系太大，导致的这个 ...

你的体系明明有6000个原子，输出文件打开一看便知。别拿单体的原子数说事

输出文件里能看到
CYCLE: 805 TIME: 290.703 TIME LEFT: 12.82M  GRAD.: 40.767 HEAT: -28758.76
CYCLE: 806 TIME: 249.500 TIME LEFT:  8.66M  GRAD.: 30.397 HEAT: -28759.14
                  THERE IS NOT ENOUGH TIME FOR ANOTHER CYCLE
                           NOW GOING TO FINAL

根本就没正常运行结束，纯粹是到达了运行时间限制自动给停掉了

小萌薇 · 发表于 Post on 2021-9-1 17:07:04

sobereva 发表于 2021-9-1 16:16
从耗时上看，估计你是算了什么夸张的体系，最好截个图或者描述下是什么样的体系有多少原子。这样的体系应当 ...

老师，我这个体系是有150个小分子。我看体系也是正常几何优化结束了，不知道是不是体系太大，导致的这个问题。老师，如果确实是体系太大，那么您这种方式计算构型最多适用多少个原子的体系呢？附件是输出的.out文件。

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-1 16:16:39

从耗时上看，估计你是算了什么夸张的体系，最好截个图或者描述下是什么样的体系有多少原子。这样的体系应当不适合结合molclus做构型/构象搜索
MOPAC任务正常结束后都会有arc文件出现，molclus也是从里面读取最终优化完的坐标的。没有你的输出文件我也不好判断是怎么回事。

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[MOPAC] 无法生成mopac.arc文件导致isomers.xyz没有写入任何数据。