将Gaussian与ORCA联用做优化和频率,并用gaussview直接查看优化过程.

zkzk1234

ORCA据说是一个计算速度很快的软件, 所以笔者很好奇. 受sob老师的启发(http://sobereva.com/422, http://sobereva.com/soft/OfakeG/),将高斯与orca联用.所以想直接用gaussview直接打开产看优化过程.
本程序使用的python编写,没有那么智能. 在Python 3.7.2运行.  调用的模块有fortranformat, ase, numpy,os 等模块 .

使用方法
1.  解压当前文件夹, 其中interface2.py的第33行需要先设置orca的路径.  orca.py中可以设置orca的输入参数,如泛函(13行), 并行参数(19行), 优化条件(29行).
2. 输入文件默认是.com 文件.   其中需要加入两个参数, 输入文件名和输出优化过程的文件.
例子中的输入文件是O2.com. 必须写成 -i O2 , -o 后面的参数随便写. 我就写成了O2gauss.log.
运行无O2.log和O2gauss.log此两个文件,如果有请删除.

3.  运行高斯 g09 输入文件 如(g09 O2.com )
4. 会产生O2.log和O2gauss.log. O2gauss.log便可以用gaussview打开产看优化过程.

附上程序与测试文件(我自己使用的是4核并行orca, 用的是orca4).
希望自己讲清楚了.

##O2.com 是优化的例子.
###O2_freq.com是频率计算的例子.  含有两个输入文件参数是-i O2_freq -o O2_freqgauss.log.
###用O2_freq.log 便可以查看频率. 与sob是一致的


###mol*文件,都是orca的输入与输出文件.

###也可以做频率优化#####
#程序接口中参考了很多程序,有的是直接使用别人的代码:
#https://github.com/pierre-24/g2xtb_interface

#https://github.com/andersx/goptimizer

#https://github.com/anooplab/pyar

#https://github.com/hherbol/ase_orca

#格式参考了sob老师的帖子(http://sobereva.com/soft/OfakeG/)

###希望有高手能帮我把程序优化一下.