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[Gaussian/gview] 同一计算内容,自己win版高斯算0.5h,超算上算4h后被终止作业

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本帖最后由 qinson1997 于 2021-9-4 11:13 编辑

这是超算上gjf文件。这是超算上的脚本。这是在超算上作业退出后的log文件,我发现它可以收敛的。但也算了2个多小时。而在我电脑 上用1400MB算opt+freq总共也就0.5h,没有错误,完整运行。 然后开始算频率。 最后log文件以这样的方式结束了。

slurm系统给出了这个out文件。总是报错srun: error: c0702: task 19: Exited with exit code 1
srun: error: c0702: task 23: Exited with exit code 1像这样的。我在论坛搜了好多帖子。没有搜到与我相关的。如果有遇到的大神,还请不吝赐教。谢谢大家。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-6 16:27:58 | 只看该作者 Only view this author
highlight 发表于 2021-9-6 15:20
不需要 srun,那是需要 mpirun 的时候用的。直接 g16 输入文件名,像这样

谢谢前辈,一开始有很多不懂,谢谢您

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-6 15:59:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-6 15:10
贴图方式不对,其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴第4节了解怎么正确贴图,此问题在 ...

收到,,谢谢,。

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发表于 Post on 2021-9-6 15:20:47 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 highlight 于 2021-9-6 15:22 编辑

不需要 srun,那是需要 mpirun 的时候用的。直接 g16 输入文件名,像这样
#!/bin/bash
#SBATCH -J 942
#SBATCH -p COMPUTE
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 1
#SBATCH -c 28

export PGI_FASTMATH_CPU=sandybridge
export g16root=/Share/apps/Gaussian
source $g16root/g16/bsd/g16.profile
export GAUSS_SCRDIR=~/gstmp

g16 942.gjf

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发表于 Post on 2021-9-6 15:10:22 | 只看该作者 Only view this author
qinson1997 发表于 2021-9-6 13:33
我最后改成N 1  n 1 ,程序运行1h,最后又会终止,还是这样的。我所有的附件都上传了,还请前辈帮忙看看 ...

贴图方式不对,其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴第4节了解怎么正确贴图,此问题在这里还特意强调了:http://bbs.keinsci.com/thread-18961-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-6 13:35:38 | 只看该作者 Only view this author
highlight 发表于 2021-9-6 10:59
不要 srun 啊,单机运行 gaussian 的时候不也不用 mpirun 么
你这相当于同时运行了 28 个相同的作业,不慢 ...

提交批处理作业不需要在脚本里最后写上 srun xxxxxx的吗?我看slurm用户手册给的例子是这样写的,我不太明白所以问的多些

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-6 13:33:06 | 只看该作者 Only view this author
highlight 发表于 2021-9-6 10:59
不要 srun 啊,单机运行 gaussian 的时候不也不用 mpirun 么
你这相当于同时运行了 28 个相同的作业,不慢 ...

我最后改成N 1  n 1 ,程序运行1h,最后又会终止,还是这样的 。我所有的附件都上传了,还请前辈帮忙看看,不胜感激。

202109061327473545..png (21.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

202109061327473545..png

942 (1).gjf

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942 (1).sh

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slurm-167213 (3).out

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发表于 Post on 2021-9-6 10:59:04 | 只看该作者 Only view this author
不要 srun 啊,单机运行 gaussian 的时候不也不用 mpirun 么
你这相当于同时运行了 28 个相同的作业,不慢才有鬼呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-4 17:23:04 | 只看该作者 Only view this author
玉米猫 发表于 2021-9-4 15:15
会不会是以28节点每个节点1核的方式提交了?可以问一下管理员吧

我是1节点提交任务的,我觉得是我设置的内存和线程太大了。出bug了。、

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发表于 Post on 2021-9-4 15:15:52 | 只看该作者 Only view this author
会不会是以28节点每个节点1核的方式提交了?可以问一下管理员吧

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