Singularity中怎么设置动态加载环境变量

djjj148 · 发表于 Post on 2021-9-4 23:27:25

本帖最后由 djjj148 于 2021-9-5 09:40 编辑

最近用Singularity安装了centos 7.6并在里面装了CP2K，测试正常，感觉容器技术还是有很大的优点，但是也发现Singularity和正常的系统有一个很大的区别："好像无法动态加载环境变量"。比如CP2K运行时需要加载不少环境变量，包括一些source和export命令。当然，这些命令可以写在/.singularity.d/env/91-environment.sh，但是这就和写在正常系统的.bashrc里一样了，不是动态加载。如果一个容器里装了多个软件，这肯定难以避免环境变量冲突。
网上搜索无果。自己用类似"singularity exec centos.sif source cp2k.sh"命令尝试无效，也试过把加载命令写到一个脚本A里，再写另个脚本B去source脚本A，最后"singularity exec centos.sif B"也还是不行。故来请教下大家。

neocc · 发表于 Post on 2021-11-29 21:38:58

本帖最后由 neocc 于 2021-11-29 21:48 编辑

neocc 发表于 2021-11-29 02:15
请问 cp2k82 的singlarity安装，运行最后的投任务脚本为什么会报错

/.singularity.d/actions/exec: 1: / ...

问题已自行解决

方法如下：
1.写入/opt/env.sh和修改/.singularity.d/env/91-environment.sh文件

singularity build --sandbox --tmpdir /home cp2k82-512/ cp2k82-avx512-1.sif

复制代码

singularity shell -w cp2k82-512

复制代码

singularity里面写入/opt/env.sh

vi /opt/env.sh

复制代码

按“i”写入如下内容

source /opt/cp2k-toolchain/install/setup
export PATH=$PATH:/opt/cp2k-8.2/exe/local
export CP2K_DATA_DIR=/opt/cp2k-8.2/data

复制代码

按“ESC”，保存退出

:wq

复制代码

singularity里面修改/.singularity.d/env/91-environment.sh文件

vi /.singularity.d/env/91-environment.sh

复制代码

按“i”写入如下内容

bash /opt/env.sh

复制代码

按“ESC”，保存退出

:wq

复制代码

2.更改shell解释器singularity里面继续输入

dpkg-reconfigure dash

复制代码

命令，然后输入no，回车
执行如下命令

ls -l /bin/sh

复制代码

若得到结果/bin/sh -> bash，则说明成功更改shell的解释器为bash。

3.生成新sig

singularity build --tmpdir /home cp2k82-ubuntu2004.sif cp2k82-512/

复制代码

问题原因：
如何解决ubuntu系统下source: not found错误？
https://help.aliyun.com/knowledge_detail/109503.html

PS：运行程序的时候强烈建议加上目录映射 -B <绝对路径>，绑定和宿主inp文件，其他会用上的文件的路径

mpirun -np {cpu_cores} (root用户要加上 --allow-run-as-root ) singularity exec --bind /inp文件所在路径,/data文件路径 /绝对路径/cp2k82-ubuntu2004.sif cp2k.popt cp2k.inp 1> cp2k.out 2> cp2k.err

复制代码

仅供参考：http://docs.hpc.whu.edu.cn/files/whuhpcdocs.wiki/sbatch/singularity.html

neocc · 发表于 Post on 2021-11-29 02:15:25

本帖最后由 neocc 于 2021-11-29 09:04 编辑

请问 cp2k82 的singlarity安装，运行最后的投任务脚本为什么会报错

/.singularity.d/actions/exec: 1: /.singularity.d/env/91-environment.sh: source: not found

已激活 intel oneapi
singularity 里面也有91-environment.sh这个文件
但是singularity shell /opt/cp2k82-avx512-1.sif
里面source没问题
在/.singularity.d/env/91-environment.sh里面加上 !#/bin/bash 后再构建sif，还是会报错
系统用的是ubuntu20.04

djjj148 · 发表于 Post on 2021-9-10 13:18:57

KiritsuguPapa 发表于 2021-9-10 12:05
你有空的话能不能做个性能测试？我之前随便试过一次gromacs 容器内外还是有不小的差距（>10%）不过后来也 ...

我用的VASP，CP2K，容器内外的速度没有差别的。

abin · 发表于 Post on 2021-9-10 12:15:46

本帖最后由 abin 于 2021-9-10 13:29 编辑

高斯， VASP，CP2K，几乎无差。
我自己测试的。

或者说，差异，可以忽略。

补充一下.
换个角度想,
如果会带来明显的性能下降,
这个项目还是存活这么多年?
还能在docker占据上风的情形下, 杀出重围?

Singularity, 绝对是最适用于科学计算平台的最佳解决方案.

如果对docker singularity等容器技术, 是否有性能问题,
最简单的是看Wiki, 然后查阅后面的相关资料.

或者看Official Site上的release note等信息.

KiritsuguPapa · 发表于 Post on 2021-9-10 12:05:03

你有空的话能不能做个性能测试？我之前随便试过一次gromacs 容器内外还是有不小的差距（>10%）不过后来也没再尝试

KiritsuguPapa · 发表于 Post on 2021-9-10 12:03:43

djjj148 发表于 2021-9-6 10:29
最后自己摸索了一个折衷的办法，供大家参考：

把sif解压到$HOME(解压速度还是很快的)，命名为centos7.6 ...

你直接在提交脚本里source那个文件就行了环境变量会带入容器内部的

djjj148 · 发表于 Post on 2021-9-6 10:29:01

最后自己摸索了一个折衷的办法，供大家参考：

把sif解压到$HOME(解压速度还是很快的)，命名为centos7.6，就可以直接编辑这个目录。把CP2K的环境变量写进${HOME}/centos7.6/cbin/cp2k.sh。在PBS脚本里先

cat ${HOME}/centos7.6/cbin/cp2k.sh > ${HOME}/centos7.6/.singularity.d/env/91-environment.sh

复制代码

就可以正常运行了

time mpirun -np 56 singularity exec ${HOME}/centos7.6 cp2k.popt cp2k.inp 1>cp2k.out 2>cp2k.err

复制代码

这样有个好处，后期想优化运行方式的话可以直接编辑镜像目录。唯一的缺点就是解压后镜像目录占用20多个G，不过比起"每次换到新机器还得从头编译CP2K花费的几个小时"来看还是划算不少。而且还能装很多自己用的常用软件，反正是动态加载，不会相互影响。

djjj148 · 发表于 Post on 2021-9-5 21:38:26

本帖最后由 djjj148 于 2021-9-6 10:17 编辑

KiritsuguPapa 发表于 2021-9-5 19:32
在容器内写一个bash脚本，脚本内进行source和运行任务等，再用singularity exec命令运行这个脚本就行

试了一下，在命令行中可以用singularity exec运行这个脚本，但是写在脚本里想用集群调度就失败了...

KiritsuguPapa · 发表于 Post on 2021-9-5 19:32:54

在容器内写一个bash脚本，脚本内进行source和运行任务等，再用singularity exec命令运行这个脚本就行

abin · 发表于 Post on 2021-9-5 18:34:21

djjj148 发表于 2021-9-5 15:22
对于"绝对路径可破"。请问是把sif文件解压成目录(比如centos.sif解压到/home/centos/)，然后 ...

你的想法太古怪了。
建议看看手册，不要胡思乱想。这是免费方案。

或者，我可以提供该镜像技术在计算平台的使用技术，
有偿提供一对一教学。

djjj148 · 发表于 Post on 2021-9-5 15:22:48

本帖最后由 djjj148 于 2021-9-5 15:23 编辑

abin 发表于 2021-9-5 13:15
绝对路径可破。

之前我提议或者建议使用镜像方案，

对于"绝对路径可破"。请问是把sif文件解压成目录(比如centos.sif解压到/home/centos/)，然后在提交任务的时候直接source或export /home/centos/里的文件或者目录吗？
另外，我是刚接触容器，不太懂门道，关于想"做大而全"，主要是因为一个系统镜像很大，比如只编译CP2K的sif镜像就已经5.3G了，每个软件都分开弄sif的话，可能没有动态加载划算。还请指教。

abin · 发表于 Post on 2021-9-5 13:15:39

绝对路径可破。

之前我提议或者建议使用镜像方案，
一堆白痴给我喷的呀……

另，各做各的不行吗？
弄大而全，背离了镜像技术的初衷。

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