VMD会自动改变原子的坐标以及盒子的边界，可能的原因？

jxlz1314

在使用VMD读取Lammps输出的xyz结果(LAMMPS Traectory)时，我在vmd中随便选取了一些原子查看坐标，意外的发现查看到的坐标竟然在原有的xyz文件找不到，这就很奇怪了。接着我将vmd中的坐标进行了输出（File-Save Coordinate），发现vmd中查看到的坐标可以在vmd输出的坐标文件找到，但是仍然和原有的输入xyz文件对不上。另外，输出的盒子边界也被改变了（但尺寸大小还是一样）。为了查看vmd是如何改变原子的坐标，我将xyz文件中的大部分原子都删掉仅保留两个原子作为参考。不幸的是仅有两个原子时原子坐标并没有被改变，不过还是可以观察到盒子的边界变化如下：
xyz输入文件：
ITEM: TIMESTEP
100000
ITEM: NUMBER OF ATOMS
2
ITEM: BOX BOUNDS pp pp pp
2.57 103.61
3.25 104.29
7.643 108.68
ITEM: ATOMS id type x y z
1093 1 14.1425 14.2166 37.9768
2534 1 31.0179 96.1418 56.7067


vmd再次输出的坐标文件
ITEM: TIMESTEP
0
ITEM: NUMBER OF ATOMS
2
ITEM: BOX BOUNDS pp pp pp
-27.9385 73.099
4.66045 105.698
-3.177 97.8605
ITEM: ATOMS id type xu yu zu
1 1 14.1425 14.2166 37.9768
2 1 31.0179 96.1418 56.7067


猜想：盒子边界的改变可能仅仅是平移盒子让整个系统更好的位于盒子的中心？
但是在之前的原子坐标改变又可能是什么原因呢？难道也是平移原子吗？
欢迎各位讨论，或者大佬来解惑~~

jxlz1314

denghuima 发表于 2021-12-26 15:56
楼主您好，VMD下我遇到了原子不在盒子里的情况，原子坐标和盒子有30度的夹角，该怎么处理这个问题？

我不知道出现你这种情况的原因，我觉得首先你可以先检查一下你的坐标文件，看看原子是否在盒子。如果原子坐标位于盒子坐标范围外的话，你可以使用shiftcenter命令移动盒子至合适的位置例如 pbc box -center origin -shiftcenter {-1 -1 0}

denghuima

楼主您好，VMD下我遇到了原子不在盒子里的情况，原子坐标和盒子有30度的夹角，该怎么处理这个问题？

jxlz1314

抱歉各位，原子坐标的改变实属自己的错误导致的。我比较的坐标所处的帧数不一致导致原子的坐标必然不同，修正后原子坐标是没问题的。现在的问题只剩下盒子的边界为什么会被vmd所改变了