求助：56核与52核的服务器同样编译出gromacs 2018.8性能天差地别的原因？

Penson · 发表于 Post on 2021-9-15 00:29:56

先介绍一下两个服务器的CPU型号，56核的是Intel(R) Xeon(R) Platinum 8176F CPU @ 2.10GHz，52核的是Intel Xeon Platinum 8171M @ 2.60GHz；
参考了sob老师的帖子GROMACS的安装方法（含全程视频演示） - 分子模拟 - 计算化学公社 (keinsci.com) ，按照同样的方法编译了gromacs 2018.8，用来跑同一个体系的动力学计算时，发现同样使用48核时，计算速度天差地别（预计时间差别了约一天），非常崩溃。
另外，发现52核的机子编译的gromacs，使用mdrun命令时，一律需要用到root权限才能运行，这个原因我也百思不得其解，因为编译fftw和gromacs的过程中我都完全没有用到root权限，但原来56核的机器则完全没有这个问题。
请各位大佬帮忙分析一下，这些原因是怎样导致的呢？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-9-16 05:33:14

Penson 发表于 2021-9-15 22:36
请问有办法可以查看当前目录哪些文件是具有root权限吗

ls -al

Penson · 发表于 Post on 2021-9-15 22:36:07

KiritsuguPapa 发表于 2021-9-15 16:18
当前目录下有一些root的文件删掉或着改一下所有者就行了

请问有办法可以查看当前目录哪些文件是具有root权限吗

KiritsuguPapa · 发表于 Post on 2021-9-15 16:18:29

Penson 发表于 2021-9-15 12:56
谢谢社长。关于mdrun需要root权限的体现，就是如下截图1所示，我运行gmx mdrun -v -deffnm md -nt 48这条 ...

当前目录下有一些root的文件删掉或着改一下所有者就行了

abin · 发表于 Post on 2021-9-15 14:19:04

找个IT技术;
或者花时间看相关手册.

推测, 可能部分读写路径设定错误.

Penson · 发表于 Post on 2021-9-15 12:56:51

sobereva 发表于 2021-9-15 01:40
仔细检查编译过程。看看是否都用的是FFTW，看看利用的指令集是否相同（mdrun输出文件里可以看到很多细节）
...

谢谢社长。关于mdrun需要root权限的体现，就是如下截图1所示，我运行gmx mdrun -v -deffnm md -nt 48这条指令，出现md.log无法读写的错误，而如果加上sudo权限，则可以正常跑起来（如截图2）。

截图1 不加sudo权限运行出错

截图2 加sudo权限后可以正常运行起来

而关于mdrun的输出文件中的信息，我查看了md.log，确实有一些信息，但是关于fftw的信息则极少，故在此上传请社长简单帮我看一下。

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-15 01:40:50

仔细检查编译过程。看看是否都用的是FFTW，看看利用的指令集是否相同（mdrun输出文件里可以看到很多细节）

“使用mdrun命令时，一律需要用到root权限才能运行” 得给出非root运行时的具体提示才好判断

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[GROMACS] 求助：56核与52核的服务器同样编译出gromacs 2018.8性能天差地别的原因？

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