如果ligand与蛋白质有相连残基，如何生成力场参数？

snow_wl

大家好！我的体系是金属酶，金属ligand和Protein骨架通过两个氨基酸相连，看文献中处理办法是对ligand生成力场时，相连的氨基酸R基也算作在金属ligand内，并把alpha-C替换为H。我的疑问是，如果这样蛋白质一端R基就被切走，这部分该如何建模呢？氨基酸被切的部分该如何处理呢，用-OH代替吗（这样脱水就可以保证连在一起）？对蛋白质处理还在摸索阶段，感谢各位高手不吝赐教！