如何解决rdkit可视化分子模块MolToImage()，输出图片结构重叠？

ShangChien

最近学习RDkit，想实现高通量可视化分子smiles，但是MolToImage()函数生成的图片总会有少量分子的结构是重叠的（如下图红色圈内），很影响观看（心里膈应）。
不知道RDkit有没有类似ChemDraw中clean_up_structure优化排版的参数设置。网络搜了好多也没发现相应的解决办法。
这个问题卡了好几天了，如果大牛们做过这个，希望指导一下，十分感谢！

ShangChien

flyingchow 发表于 2021-10-3 01:26
用最新版本的rdkit
然后用：
from rdkit.Chem import rdDepictor

试了一下方法，确实有效很棒，对于一些简单的化学键可以自动的伸缩进行排布，美中不足的是对于刚性较大的稠环或者七个间位连续并苯的分子结构，还是会重叠。不过已经很好了！

flyingchow

用最新版本的rdkit
然后用：
from rdkit.Chem import rdDepictor
rdDepictor.SetPreferCoordGen(True)

链接 ： https://github.com/rdkit/rdkit/issues/2960