计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 5186|回复 Reply: 12
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 关于pdb基本格式的请教?

[复制链接 Copy URL]

129

帖子

0

威望

551

eV
积分
680

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
1、pdb的格式是17-20是残疾名称,要是超过了一位怎么办?就是残基是17-21,可以吗

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

13#
发表于 Post on 2021-10-10 12:57:13 | 只看该作者 Only view this author
努力向上的boy 发表于 2021-10-10 08:08
如果有一个小分子的pdb文件,可以直接用gmx solvate添加进盒子吗?

不适合。solvate专门基于平衡好的溶剂盒子的文件来填充新的盒子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

129

帖子

0

威望

551

eV
积分
680

Level 4 (黑子)

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-10 08:08:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-10 02:42
packmol填的做不到gmx solvate那么致密,而且试图填得致密时还要花很多时间迭代。所以但凡适合gmx solvat ...

如果有一个小分子的pdb文件,可以直接用gmx solvate添加进盒子吗?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2021-10-10 02:42:40 | 只看该作者 Only view this author
努力向上的boy 发表于 2021-10-9 23:30
谢谢老师,添加水利用gmx solvate和packmol,是不是都可以?

packmol填的做不到gmx solvate那么致密,而且试图填得致密时还要花很多时间迭代。所以但凡适合gmx solvate的时候都不要用packmol
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

129

帖子

0

威望

551

eV
积分
680

Level 4 (黑子)

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-9 23:30:36 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师,添加水利用gmx solvate和packmol,是不是都可以?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2021-10-9 23:23:29 | 只看该作者 Only view this author
努力向上的boy 发表于 2021-10-9 21:00
老师,我想请教一下,聚合物是由一条条平行的聚合物链组成的,在pdb中我需要在每条连需要写上链标识符吗 ...

不用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

129

帖子

0

威望

551

eV
积分
680

Level 4 (黑子)

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-9 21:00:01 | 只看该作者 Only view this author

老师,我想请教一下,聚合物是由一条条平行的聚合物链组成的,在pdb中我需要在每条连需要写上链标识符吗?

129

帖子

0

威望

551

eV
积分
680

Level 4 (黑子)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-9 20:51:59 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2021-10-8 01:36:08 | 只看该作者 Only view this author
努力向上的boy 发表于 2021-10-8 01:23
1、已经用pdb2gmx生成了top,在做动力学模拟的时候,可以将每条链上的残基名改为一个吗,然后残基序号是1 ...

1 可以
try

2 可以。原子名写什么无所谓
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

129

帖子

0

威望

551

eV
积分
680

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-8 01:23:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-7 23:23
看具体要做什么
只是可视化的话,可以残基名相同。如果是给pdb2gmx处理,如果你对末端和中部的残基在rtp ...

1、已经用pdb2gmx生成了top,在做动力学模拟的时候,可以将每条链上的残基名改为一个吗,然后残基序号是12345678?然后将top和pdb保持一致
在这种情况下pdb里面的残基名的位数可以由18-20位,变为18-21位吗?
2、我还想请教老师一下,在做动力学模拟的时候,77-78的元素符号可以不写吗?如果是离子的话,比如钙离子,写成ca还是ca+?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2021-10-7 23:23:01 | 只看该作者 Only view this author
努力向上的boy 发表于 2021-10-7 22:40
我用的是gromacs软件,vmd可视化,packmol装盒子
另外老师,我想请教一下,在晶体中,晶体是由几条相互 ...

看具体要做什么
只是可视化的话,可以残基名相同。如果是给pdb2gmx处理,如果你对末端和中部的残基在rtp里定义了不同的字段,显然pdb里必须用不同残基名来和rtp对应
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

129

帖子

0

威望

551

eV
积分
680

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-7 22:40:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-7 22:06
大多数程序没法兼容,对于你实际用的程序试试便知

我用的是gromacs软件,vmd可视化,packmol装盒子
另外老师,我想请教一下,在晶体中,晶体是由几条相互平行排列的结构相同的共聚物链组成的,对于每个共聚物,格式是daaaaaag,a是单体,由于首尾两端的需要在单体a的基础上补充残基,补充的残基分别是h和oh,分别命名为d,和g。对于这条聚合物链,在命名残基名的时候,是分三部分明名,即首、中间、尾,残基号依次写成12345678,还是都写成一个残基名,,残基号依次是12345678?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2021-10-7 22:06:33 | 只看该作者 Only view this author
大多数程序没法兼容,对于你实际用的程序试试便知
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 13:58 , Processed in 0.951553 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list