计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 5553|回复 Reply: 12
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 用高斯优化硫化铜团簇的设置求助

[复制链接 Copy URL]

6

帖子

0

威望

145

eV
积分
151

Level 3 能力者

各位老师好,我想计算CuS的激发态性质和实验上对比,感觉用第一性原理软件计算周期结构的计算量非常大,所以想先研究CuS小团簇。
我先用MS建了个CuS周期性结构,扩超胞后挖了一个团簇,再用氢饱和。结构图我贴在下面了(图分别是用MS显示的团簇示意图;以及GV的示意图,发光的是固定的原子)

我想用高斯先优化下面的结构,下面是具体的输入,请问这样的设置合理吗?赝势和基组的选择是依据文献中计算Cd[size=6.029pt]10Se[size=6.029pt]6S[size=6.029pt]14团簇的设置。
[size=6.029pt]

先谢谢各位老师了!



%chk=1.chk
#p opt   b3lyp/lanl2dz  SCF=(Fermi) int=(ultrafine,acc2e=12)

CuS_Cluster

0 1
Cu                0    1.09600000    1.89800000    6.46000000
Cu                0    1.09600000    1.89800000    1.76000000
Cu                0    2.19200000    0.00000000    4.11000000
S                0    0.00000000    0.00000000    7.16700000
S                0    0.00000000    0.00000000    1.05400000
S               -1    0.00000000    0.00000000    9.27400000
S                0    1.09600000    1.89800000    4.11000000
S                0    0.00000000    3.79700000    1.05400000
Cu                0    4.38400000    0.00000000    1.76000000
S               -1    3.28800000   -1.89800000    1.05400000
S                0    4.38400000    0.00000000    4.11000000
S                0    3.28800000    1.89800000    1.05400000
S               -1    6.57600000    0.00000000    1.05400000
Cu                0   -2.19200000   -3.79700000    1.76000000
S               -1   -3.28800000   -5.69500000    1.05400000
S                0   -2.19200000   -3.79700000    4.11000000
Cu                0   -2.19200000    0.00000000    6.46000000
Cu                0   -2.19200000    0.00000000    1.76000000
Cu                0   -1.09600000   -1.89800000    4.11000000
S               -1   -3.28800000   -1.89800000    1.05400000
S                0   -2.19200000    0.00000000    4.11000000
Cu                0    1.09600000   -1.89800000    6.46000000
Cu                0    1.09600000   -1.89800000    1.76000000
S               -1    0.00000000   -3.79700000    1.05400000
S                0    1.09600000   -1.89800000    4.11000000
Cu                0   -2.19200000    3.79700000    1.76000000
Cu                0   -1.09600000    1.89800000    4.11000000
S               -1   -3.28800000    1.89800000    1.05400000
S                0   -2.19200000    3.79700000    4.11000000
S               -1   -3.28800000    5.69500000    1.05400000
H                0    0.94000000    0.94000000    9.74400000
H                0    7.98600000    0.00000000    1.05400000
H                0   -1.87800000   -5.69500000    1.05400000
H                0   -1.87800000    5.69500000    1.05400000






Snipaste_2021-10-10_23-16-06.png (84.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

GV示意图(发光的是固定原子)

GV示意图(发光的是固定原子)

Snipaste_2021-10-10_23-10-48.png (60.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

MS示意图

MS示意图

6

帖子

0

威望

145

eV
积分
151

Level 3 能力者

13#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-11 23:46:03 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-10-11 15:09
先解决结构问题,你结构是错的。

嗯嗯好的,一开始没往复杂处想,觉得先优化一个小团簇看看结构,想得太简单了,看来这个真的是结构问题,我去调整一下结构再优化。

98

帖子

0

威望

2603

eV
积分
2701

Level 5 (御坂)

12#
发表于 Post on 2021-10-11 17:31:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-11 14:23
这都得用多参考的话,第一性原理领域DFT算的一堆体系都根本没法做了
没这么夸张

好的,谢谢sob老师,我不太了解多参考方法

98

帖子

0

威望

2603

eV
积分
2701

Level 5 (御坂)

11#
发表于 Post on 2021-10-11 15:56:47 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-10-11 15:09
能跑得动的话需要,但是这么多Cu肯定跑不动,所以只能用DFT
最多只能是用双核的团簇做一个多参考计算, ...

噢噢,是以多参考为标准做一个benchamrk。谢谢老师~

1万

帖子

0

威望

9870

eV
积分
22111

Level 6 (一方通行)

10#
发表于 Post on 2021-10-11 15:09:56 | 只看该作者 Only view this author
luffys 发表于 2021-10-11 04:20
谢谢社长,结构优化第一轮收敛就失败了,两个不同尺寸的团簇都没撑过优化的第一轮,我正在尝试您那篇解决 ...

先解决结构问题,你结构是错的。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

1万

帖子

0

威望

9870

eV
积分
22111

Level 6 (一方通行)

9#
发表于 Post on 2021-10-11 15:09:34 | 只看该作者 Only view this author
fffff 发表于 2021-10-10 23:36
老师,请问一下这么多自旋中心不用考虑多参考方法吗?还是说几何优化用单参考多参考影响不大呢?
我看Gr ...

能跑得动的话需要,但是这么多Cu肯定跑不动,所以只能用DFT
最多只能是用双核的团簇做一个多参考计算,再做一系列DFT计算,看哪个泛函合适,再用这个泛函算实际的团簇
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2021-10-11 14:23:06 | 只看该作者 Only view this author
fffff 发表于 2021-10-11 06:36
老师,请问一下这么多自旋中心不用考虑多参考方法吗?还是说几何优化用单参考多参考影响不大呢?
我看Gr ...

这都得用多参考的话,第一性原理领域DFT算的一堆体系都根本没法做了
没这么夸张
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6

帖子

0

威望

145

eV
积分
151

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-11 11:20:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-11 04:17
又不考虑背景电荷又不考虑capped ECP或赝氢之类处理,直接这么算,而且团簇尺寸又不大,合理性有限。建议至 ...

谢谢社长,结构优化第一轮收敛就失败了,两个不同尺寸的团簇都没撑过优化的第一轮,我正在尝试您那篇解决SCF不收敛的博文里提到的方法。。。

6

帖子

0

威望

145

eV
积分
151

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-11 11:12:10 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-10-10 23:53
CuS的结构和CdS不一样,挺复杂的,还有二硫键,参见https://en.wikipedia.org/wiki/Copper_monosulfide
此 ...

谢谢老师,我去看一看。

1245

帖子

1

威望

3860

eV
积分
5125

Level 6 (一方通行)

5#
发表于 Post on 2021-10-11 10:40:36 | 只看该作者 Only view this author
fffff 发表于 2021-10-11 06:36
老师,请问一下这么多自旋中心不用考虑多参考方法吗?还是说几何优化用单参考多参考影响不大呢?
我看Gr ...

要考虑啊,orca的casscf练习里面就有一个和这个很相似的例子

98

帖子

0

威望

2603

eV
积分
2701

Level 5 (御坂)

4#
发表于 Post on 2021-10-11 06:36:42 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-10-10 23:53
CuS的结构和CdS不一样,挺复杂的,还有二硫键,参见https://en.wikipedia.org/wiki/Copper_monosulfide
此 ...

老师,请问一下这么多自旋中心不用考虑多参考方法吗?还是说几何优化用单参考多参考影响不大呢?
我看Grimmr提出FOD的原文里有两个Cu,静态相关就比较强了

SharedScreenshot.jpg (24.95 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

SharedScreenshot.jpg

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2021-10-11 04:17:38 | 只看该作者 Only view this author
又不考虑背景电荷又不考虑capped ECP或赝氢之类处理,直接这么算,而且团簇尺寸又不大,合理性有限。建议至少对比一下团簇取再大一圈时候的结果,以证明当前大小团簇能说明问题。

写int=(ultrafine,acc2e=12) 完全多余,本身B3LYP对积分格点要求又不算高,基组又没带弥散函数
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1万

帖子

0

威望

9870

eV
积分
22111

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2021-10-10 23:53:41 | 只看该作者 Only view this author
CuS的结构和CdS不一样,挺复杂的,还有二硫键,参见https://en.wikipedia.org/wiki/Copper_monosulfide
此外,B3LYP算过渡金属一般不如PBE0可靠。重新建模以后建议改用PBE0算
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-22 20:53 , Processed in 0.229392 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list