求助：FMNSf跑npt前出现的v-rescale 报错，换成Beredsen可以跑，但是我们要用v-res...

景中自有笑寒意

error：The v-rescale thermostat was called with a group with #DOF=2.933824, but for #DOF<3 only integer #DOF are supported


我用的gromacs版本是2020.1的，去查gromacs手册上也没有找到DOF是指什么。
大家有遇到过这种报错吗？求问是怎么解决的？或者我应该从哪个方向找问题？


我的mdp文件
title                    = fmns MD
;cpp                      = /lib/cpp
;include                  = /usr/share/gromacs/top
;define                   = -DPOSRES   ; ICE restrain the polyethylene


;Run parameters
integrator               = md    ;leap-frog integrator
dt                       = 0.002     ;2fs
nsteps                   = 100000   ;2ns


;Output control                           
nstxout                  = 500         
nstvout                  = 500         
nstlog                   = 500         
nstenergy                = 500         
nstxout-compressed        = 500      


;   xtc compressed trj output
compressed-x_grps                 = FMNS NA   
energygrps               = FMNS NA


; Neighborsearching
cutoff-scheme            = Verlet      
nstlist                  = 10     ; 20fs
ns-type                  = grid   
; search neighboring grid cels
rlist                    = 1.0     ; short-range neighborlist cutoff (in nm)


;Electrostatics
coulombtype              = PME  ; Particle Mesh Ewald for long-range eletro
pme_order                = 4    ; cubic interpolation
fourierspacing           = 0.16  ; grid spacing for FFT
rcoulomb                 = 1.0   ; short-range for electrostatic cutoff
rvdw                     = 1.0   ;                van der Waals


; Temperature coupling is on
tcoupl                   = V-rescale   ; modified Beredsen thermostat   这里改成Beredsen就可以跑，但是老师说我们还是要用v-rescale
tc-grps                  = FMNS NA   ; 3 coupling group
tau-t                    = 0.1 0.1   ; time constant ,in ps
ref-t                    = 298 298   ; reference T


; Pressure coupling is on
pcoupl                   = Berendsen    ; Pressure coupling
pcoupltype                = isotropic    ; uniform scaling of box vectors
tau-p                    = 2.0         ; time constant
compressibility          = 4.5e-5     ; isothermal compressibility of water
ref-p                    = 1.0            ; reference pressure, in bar
refcoord_scaling         = all


gen-vel                  = yes            ; generate v ,yes for the first md, no for 2st, 3rd....
gen-temp                 = 298
gen-seed                 = 173529  


;Bonds
constraints              = h-bonds
constraint-algorithm     = LINCS
lincs_iter               = 1    ; accuracy of LINCS
lincs_order              = 4    ; also related to accuracy
  
; Periodic boundary conditions
pbc                      = xyz    ; 3-D PBC


; Dispersion correction
DispCorr   = EnerPres     ; account for cut-off vdW scheme

景中自有笑寒意

lyj714 发表于 2021-10-13 19:56
应该是你这个FMNS 和NA其中一个组的原子个数非常少，比如小于3.
直接用system一个组应该就可以。

我尝试改成system 就能跑了 ！感谢！

景中自有笑寒意

sobereva 发表于 2021-10-13 19:52
DOF含义去官方论坛问开发者，或者自己读源代码

尝试不同gmx版本，如2019、2021

好的，我尝试了用system 就正常跑了，下次发帖注意字体大小问题，不好意思啊

lyj714

应该是你这个FMNS 和NA其中一个组的原子个数非常少，比如小于3.
直接用system一个组应该就可以。

sobereva

DOF含义去官方论坛问开发者，或者自己读源代码

尝试不同gmx版本，如2019、2021
也可以尝试改大tau-t看看
也可以把gen-vel设no试试

实在不行就用Berendsen

发帖时候别用那么大字号，一般人的视力没那么差