求助GMX中RDF命令算RNA的一些问题

黄舒伟 · 发表于 Post on 2021-10-14 17:05:32

请问一下，文章（https://academic.oup.com/nar/article/46/10/4872/4990003）中这里说的“[size=0.94em]计算RNA碱基(A-N1、A-N3、A-N6、A-N7、A-N9、G-O6、G-N1、GN2、G-N3、G-N7、G-N9、C-O2、C-N1、C-N3、C-N4、U-O2、U-O4、U-N1和U-N3)、两个磷酸盐(O1P、O2P)之间的RDF”
（1）怎么在GMX命令中实现从而得到类似下图的图像呢？
（2）这句话的意思是不是求各个碱基对之间的RDF和相邻两个磷酸盐之间的RDF？
（3）如果（2）的理解是对的，那我们是需要重新设置什么组吗？
例如计算双链碱基对之间的RDF，则是需要把两个链分别设置成组，然后gmx rdf选择一个为参考组一个为指定组？
提前多谢各位大佬指教。

黄舒伟 · 发表于 Post on 2021-10-16 22:06:56

多謝sob老師指教，學生明白了。

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-15 06:32:59

文中算的是特定名字的两个原子之间的，不是残基或片段之间
gmx rdf可以接上选择语句，里面用name后面可以跟上原子名来选择，例如
gmx rdf -f prod.xtc -s prod.tpr -ref "name OW" -sel "name HW"

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