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[新手求助] IRC产物拿出来OPT,结构变形

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本帖最后由 小书童 于 2016-1-24 17:20 编辑

对算好的过渡态进行IRC路径分析,得到的了反应物和产物,与振动趋势相同。将产物(中间体)拿出来OPT,结构优化的结果结构扭曲了。
想请问老师这个是为什么呢?怎么产物优化后会变化这么大呢?可能是哪里出了问题呢?

产物.jpg (52.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 139)

IRC曲线的产物正面图

IRC曲线的产物正面图

产物IRC.jpg (16.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 117)

IRC曲线的产物

IRC曲线的产物

产物OPT.jpg (17 KB, 下载次数 Times of downloads: 125)

IRC拿出来OPT的产物

IRC拿出来OPT的产物

NO-CC-HCN-IM1-OPT.gjf

2.03 KB, 阅读权限: 1, 下载次数 Times of downloads: 6

产物结构优化输入

NO-CC-HCN-IM1-OPT.log

1.36 MB, 阅读权限: 1, 下载次数 Times of downloads: 7

产物结构优化输出

NO-CC-HCN-TS-1.gjf

1.98 KB, 阅读权限: 1, 下载次数 Times of downloads: 7

过渡态寻找输入

NO-CC-HCN-TS-1.log

1.02 MB, 阅读权限: 1, 下载次数 Times of downloads: 8

过渡态寻找输出

NO-CC-HCN-TS1-IRC.gjf

2.39 KB, 阅读权限: 1, 下载次数 Times of downloads: 8

IRC输入

NO-CC-HCN-TS1-IRC.log

1.46 MB, 阅读权限: 1, 下载次数 Times of downloads: 26

IRC输出

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发表于 Post on 2023-9-24 16:17:15 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-1-30 10:02
老师结构频率分析完成了,有虚频,而且虚频正是变形的方向。那么,对于这个问题可能的原因是什么呢?我的 ...

你好,请问你这个问题解决了吗?我跟你遇到了同样的问题,IRC左端的产物结构和opt优化出来的不一样,你是怎么解决的?

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发表于 Post on 2020-4-22 11:43:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-22 04:17
不意味什么,单纯是优化不充分而已,参看
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法 ...

嗯嗯,谢谢老师。

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发表于 Post on 2020-4-22 04:17:45 | 只看该作者 Only view this author
小李子赛 发表于 2020-4-20 20:46
老师,如果IRC端点结构优化后有虚频,意味着什么呢?

不意味什么,单纯是优化不充分而已,参看
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2020-4-20 20:46:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-21 12:22
优化后的结构有虚频没有?没虚频说明极小点就是那样

老师,如果IRC端点结构优化后有虚频,意味着什么呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-25 08:46:23 | 只看该作者 Only view this author

恩恩,好的,谢谢老师的指点!

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发表于 Post on 2016-2-24 23:19:57 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-2-24 21:48
那老师咱们这个反应路径的搜索就到此为止了吧,不能够在往下找了对吧?

y
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-24 21:48:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-2-24 16:00
你当前的反应就是个N-N键变成N-O键。如果你想脱出N2来,那还得尝试另外找对应的过渡态,但看起来难度很大。

那老师咱们这个反应路径的搜索就到此为止了吧,不能够在往下找了对吧?

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发表于 Post on 2016-2-24 16:00:43 | 只看该作者 Only view this author
你当前的反应就是个N-N键变成N-O键。如果你想脱出N2来,那还得尝试另外找对应的过渡态,但看起来难度很大。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-24 08:38:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-2-23 14:37
我记错了。
如果这样,你就直接拿这个点搜索过渡态再走IRC就好了,应该会连接两个对映异构体

老师,如果这样的话,这个反应就算找完了吧?其实我想得到的是如图所示的产物,HCN将吸附在碳基表面的NO还原,形成了N2。但是目前从您给我发的势能面的那个图来说,好像不会有后续的反应了。

产物.jpg (28.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 104)

产物

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发表于 Post on 2016-2-23 14:37:30 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-2-23 08:53
不是啊,那个平面结构是从IRC末端取出来的,您告诉我对其直接进行振动分析,结果发现这个点有一个虚频, ...

我记错了。
如果这样,你就直接拿这个点搜索过渡态再走IRC就好了,应该会连接两个对映异构体
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-23 08:53:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-2-22 19:45
有可能,但是我记得你说过没虚频

不是啊,那个平面结构是从IRC末端取出来的,您告诉我对其直接进行振动分析,结果发现这个点有一个虚频,您才说可能是分叉了的。如果是我刚才说的那样的话,ts2就相当与直接找到了?

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发表于 Post on 2016-2-22 19:45:58 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-2-22 19:36
好的,我试试。还有老师,过渡态会不会就是那个平面的机构呢?

有可能,但是我记得你说过没虚频
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-22 19:36:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-2-22 12:11
拿对映异构体作为QST2的反应物和产物,尝试找到过渡态,然后产生IRC验证

好的,我试试。还有老师,过渡态会不会就是那个平面的机构呢?

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发表于 Post on 2016-2-22 12:37:34 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-1-30 10:02
老师结构频率分析完成了,有虚频,而且虚频正是变形的方向。那么,对于这个问题可能的原因是什么呢?我的 ...

这个结构本身就不应该是平面的。稍微破坏平面性之后优化。

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