计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 7605|回复 Reply: 18
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Gaussian/gview] 请问G16优化双配体Pd催化剂出现这类问题如何解决?

[复制链接 Copy URL]

49

帖子

0

威望

479

eV
积分
528

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
请教下各位大佬,我使用BP86/DEF2SVP几何优化双配体Pd催化剂,在气相中能够正常结束且无虚频。那么我在溶剂化模型及D3BJ情况下下优化结构总是不收敛。以下是我的所有输出文件。请问还有其他办法帮助收敛吗?

output_files.zip

8.68 MB, 下载次数 Times of downloads: 33

输出文件

360

帖子

0

威望

2283

eV
积分
2643

Level 5 (御坂)

19#
发表于 Post on 2021-10-31 19:08:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 sai77 于 2021-10-31 19:09 编辑


左边是你画的cis配位,右边trans

1万

帖子

0

威望

9857

eV
积分
22093

Level 6 (一方通行)

18#
发表于 Post on 2021-10-31 18:27:36 | 只看该作者 Only view this author

自己找金属有机化学的教材看看
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

49

帖子

0

威望

479

eV
积分
528

Level 4 (黑子)

17#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-31 17:13:52 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2021-10-29 09:00
我怎么感觉你这初始结构不太合理,P上两个叔丁基这么大位阻,反式配位能量更低些吧

啥叫反式配位啊

360

帖子

0

威望

2283

eV
积分
2643

Level 5 (御坂)

16#
发表于 Post on 2021-10-29 09:00:01 | 只看该作者 Only view this author
我怎么感觉你这初始结构不太合理,P上两个叔丁基这么大位阻,反式配位能量更低些吧

1万

帖子

0

威望

9857

eV
积分
22093

Level 6 (一方通行)

15#
发表于 Post on 2021-10-27 15:29:05 | 只看该作者 Only view this author
红米饭1234 发表于 2021-10-27 02:58
MTBE的介电常数和甲苯差不多呀

查了一下,确实MTBE和甲苯比和乙醚更接近。那就说明优化结构时不需要考虑溶剂效应,因为甲苯一般是不用考虑的。当然如果溶质极性特别强另说
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

49

帖子

0

威望

479

eV
积分
528

Level 4 (黑子)

14#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-27 09:58:37 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-10-25 16:47
我有点怀疑MTBE和甲苯能不能看作是足够相似的。假如能的话,那就意味着MTBE的极性也非常低,所以opt freq ...

MTBE的介电常数和甲苯差不多呀

49

帖子

0

威望

479

eV
积分
528

Level 4 (黑子)

13#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-27 09:57:29 | 只看该作者 Only view this author
biogon 发表于 2021-10-25 17:09
MTBE是醚,介电常数目测和甲苯差了很大了

不是啊

Toluene: ε=2.3741

MTBE :Dielectric Constant @ 20°C 2.6

MTBE的介电常数,第二页

1665

帖子

5

威望

4788

eV
积分
6553

Level 6 (一方通行)

喵星人

12#
发表于 Post on 2021-10-26 11:36:48 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-10-25 16:47
我有点怀疑MTBE和甲苯能不能看作是足够相似的。假如能的话,那就意味着MTBE的极性也非常低,所以opt freq ...

MTBE的极性其实不小,但这也看极性怎么定义了,要是按照和硅胶的气相吸附吉布斯自由能的话这玩意快接近乙酸乙酯了,但是按照液相介电常数的话又是另一回事

1万

帖子

0

威望

9857

eV
积分
22093

Level 6 (一方通行)

11#
发表于 Post on 2021-10-25 17:25:32 | 只看该作者 Only view this author
biogon 发表于 2021-10-25 10:09
MTBE是醚,介电常数目测和甲苯差了很大了

我也这么觉得,我感觉用乙醚代替MTBE都比用甲苯代替合适
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

1245

帖子

1

威望

3860

eV
积分
5125

Level 6 (一方通行)

10#
发表于 Post on 2021-10-25 17:09:33 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-10-25 16:47
我有点怀疑MTBE和甲苯能不能看作是足够相似的。假如能的话,那就意味着MTBE的极性也非常低,所以opt freq ...

MTBE是醚,介电常数目测和甲苯差了很大了

1万

帖子

0

威望

9857

eV
积分
22093

Level 6 (一方通行)

9#
发表于 Post on 2021-10-25 16:47:04 | 只看该作者 Only view this author
红米饭1234 发表于 2021-10-25 09:23
谢谢sob老师,我在仔细看看,因为源参考文献里面的溶剂是MTBE,想着甲苯和这个相似,因为做的Pd催化有机反 ...

我有点怀疑MTBE和甲苯能不能看作是足够相似的。假如能的话,那就意味着MTBE的极性也非常低,所以opt freq可以不加溶剂;假如不能的话,那就意味着你这么替代是不成立的,应当去查MTBE的介电常数等信息,然后自定义溶剂
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

49

帖子

0

威望

479

eV
积分
528

Level 4 (黑子)

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-25 16:25:12 | 只看该作者 Only view this author
scf 发表于 2021-10-25 11:45
qchem里有一种SWIG方法,据说收敛会好
https://manual.q-chem.com/5.2/Ch12.S2.html

我用高斯研究过渡态啊,不用qchem

49

帖子

0

威望

479

eV
积分
528

Level 4 (黑子)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-25 16:23:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-25 11:33
上传一堆输出文件的时候,明确说清楚每个文件各对应什么,别让答疑者一个个去打开查看、去猜,不仅耽误答疑 ...

谢谢sob老师,我在仔细看看,因为源参考文献里面的溶剂是MTBE,想着甲苯和这个相似,因为做的Pd催化有机反应机理,想着优化双配体催化剂研究反应机理。

1万

帖子

0

威望

9857

eV
积分
22093

Level 6 (一方通行)

6#
发表于 Post on 2021-10-25 15:45:46 | 只看该作者 Only view this author
scf 发表于 2021-10-25 04:45
qchem里有一种SWIG方法,据说收敛会好
https://manual.q-chem.com/5.2/Ch12.S2.html

orca也有类似方法
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-20 14:16 , Processed in 0.201563 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list