求助：请问GROMACS和LAMMPS不同输入输出文件的对应关系

jasonmayday · 发表于 Post on 2021-10-26 05:16:48

我们组想用机器学习来分析LAMMPS的MD轨迹，找到了一个深度学习方法，该方法读取MD轨迹和一些分子模拟的结构文件，计算描述符，同时也把分子模拟轨迹转化为体素文件，然后用3D卷积神经网络建立MD轨迹和催化反应速率之间的对应关系。

但公开的代码都是用于分析GROMACS生成的数据的。我是纯新人，对机器学习比较熟悉，但GROMACS和LAMMPS都没有用过。我们组其他人都是使用LAMMPS做经典MD模拟的，没有人用过GROMACS，我也找不到同时熟悉GROMACS和LAMMPS的人，所以想在这里问一下GROMCAS和LAMMPS文件的对应关系。

找到的公开数据分析代码需要读取GROMACS中的itp，top，gro，pdb和xtc中的信息，按照code中的描述：

itp：不同的itp文件包含不同分子的atomtypes，nonbond_params，moleculetype，atoms，bonds，angles，dihedrals，pairs等信息。
top：整合不同分子的itp文件中的信息。
gro：提取分子坐标信息
pdb：提取分子坐标信息
xtc：二进制的分子动力学轨迹文件

我现在手头有我们小组其他人的LAMMPS的数个模拟的数据，我想对公开的分析GROMACS轨迹的代码做些修改，使得可以分析我们小组其他人的LAMMPS文件。

请问GROMACS和LAMMPS不同输出文件的对应关系，至于GROMACS的itp，top，gro，pdb，xtc文件中包含结构，坐标和轨迹信息，我是否可以在LAMMPS的输入和输出文件中找到？

其次，目前找到的代码是分析GROMACS的轨迹和结构信息的，我的第二个想法是如果我将LAMMPS的各个文件转化为itp，top，gro，pdb，xtc，可以避免从头修改全部代码，不知道这是否可行。

希望各位前辈给一些建议和指点，谢谢。

thor · 发表于 Post on 2023-12-6 16:14:52

本帖最后由 thor 于 2023-12-6 16:47 编辑

xiaotengteng 发表于 2023-10-16 16:20
老师，您好可以详细说说怎么把.itp与.top文件转换成LAMMPS的data文件么？
我在InterMol的说明中发现：
...

用GRO2LAM这个软件

xiaotengteng · 发表于 Post on 2023-10-16 16:20:37

tjuptz 发表于 2021-10-27 11:32
top itp与data文件的转换可以用intermol，结构和轨迹文件可以试试vmd

老师，您好可以详细说说怎么把.itp与.top文件转换成LAMMPS的data文件么？
我在InterMol的说明中发现：
Choose input conversion format:
  --amb_in file       input files (.prmtop) and (.crd or equivalent) for
                     conversion from AMBER file format
  -crm_in file       input file (.imp) for conversion from CHARMM file format
  --des_in file       .cms file for conversion from DESMOND file format
  --gro_in file file .gro and .top file for conversion from GROMACS file
                     format
  --lmp_in file       input file for conversion from LAMMPS file format
                     (expects data file in same directory and a read_data call)
它好像只能选择.gro和.top文件才行。
还望老师您有空的时候帮忙解惑，不胜感激！

tjuptz · 发表于 Post on 2022-12-7 21:44:21

neocc 发表于 2022-12-7 12:49
请问老师，现在如果需要转换lammps拓扑文件为groamcs的格式，用什么软件比较合适呢？

不好意思，后面我也没研究过了

neocc · 发表于 Post on 2022-12-7 12:49:39

tjuptz 发表于 2022-12-4 16:03
是的，我后面也没用过了

请问老师，现在如果需要转换lammps拓扑文件为groamcs的格式，用什么软件比较合适呢？

tjuptz · 发表于 Post on 2022-12-4 16:03:28

neocc 发表于 2022-12-4 15:09
请问老师，intermol转换结构是不是有bug，我用polymatic官方案例生成的结构转换成gromacs的拓扑文件，一 ...

是的，我后面也没用过了

neocc · 发表于 Post on 2022-12-4 15:09:35

tjuptz 发表于 2021-10-27 11:32
top itp与data文件的转换可以用intermol，结构和轨迹文件可以试试vmd

请问老师，intermol转换结构是不是有bug，我用polymatic官方案例生成的结构转换成gromacs的拓扑文件，一直报错

DOUKUN · 发表于 Post on 2022-5-6 16:04:20

我们组里也碰上了同样的问题，请问楼主解决了吗，尤其是gromacs和lammps对应的轨迹文件进行分析转化，vmd可以实现吗

jasonmayday · 发表于 Post on 2021-10-27 23:50:24

tjuptz 发表于 2021-10-27 11:32
top itp与data文件的转换可以用intermol，结构和轨迹文件可以试试vmd

十分感谢

tjuptz · 发表于 Post on 2021-10-27 11:32:25

top itp与data文件的转换可以用intermol，结构和轨迹文件可以试试vmd

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