计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 5102|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 氧化石墨烯上共价连接小分子如何生成拓扑文件?

[复制链接 Copy URL]

115

帖子

0

威望

1367

eV
积分
1482

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
在氧化石墨烯上,通过羧基共价连接了一个小分子,小分子中有氨基,因此相当于通过一个肽键的形式将氧化石墨烯与小分子共价连接。
请问一下这样一个体系,怎么生成拓扑文件呢?
非常感谢各位老师!

516

帖子

1

威望

4765

eV
积分
5301

Level 6 (一方通行)

8#
发表于 Post on 2021-11-2 12:08:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-2 11:33
字段里没法设exclusion和片段间的约束

谢谢社长,看来对于程序和一个分子多少还是有些差别

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2021-11-2 11:33:04 | 只看该作者 Only view this author
tjuptz 发表于 2021-11-2 11:18
社长,这样会和一个分子一样grompp时产生排除和约束吗

[intermolecular_interaction]字段里没法设exclusion和片段间的约束
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

516

帖子

1

威望

4765

eV
积分
5301

Level 6 (一方通行)

6#
发表于 Post on 2021-11-2 11:18:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-1 17:05
先照常生成小分子和氧化石墨烯的拓扑文件,氧化石墨烯用x2top,小分子用下文的做法
几种生成有机分子GROMA ...

社长,这样会和一个分子一样grompp时产生排除和约束吗

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2021-11-2 10:58:05 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2021-11-1 23:50
请教一下社长 恰当的[ bonds ]、[ angles ]、[ dihedrals ]项有什么好方法获得吗?
如果是共价作用 是不 ...

看具体体系、力场,没法一概而论
通常是,但有时候可能拼接更合适,正如蛋白质的原子电荷就是残基的拼接成的

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

190

帖子

0

威望

1691

eV
积分
1881

Level 5 (御坂)

4#
发表于 Post on 2021-11-1 23:50:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-1 17:05
先照常生成小分子和氧化石墨烯的拓扑文件,氧化石墨烯用x2top,小分子用下文的做法
几种生成有机分子GROMA ...

请教一下社长 恰当的[ bonds ]、[ angles ]、[ dihedrals ]项有什么好方法获得吗?
如果是共价作用 是不是需要将复合物整体进行计算获得RESP电荷的信息

115

帖子

0

威望

1367

eV
积分
1482

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-1 17:12:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-1 17:05
先照常生成小分子和氧化石墨烯的拓扑文件,氧化石墨烯用x2top,小分子用下文的做法
几种生成有机分子GROMA ...

谢谢卢老师,我去研究一下:)))

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2021-11-1 17:05:18 | 只看该作者 Only view this author
先照常生成小分子和氧化石墨烯的拓扑文件,氧化石墨烯用x2top,小分子用下文的做法
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html

之后通过[ intermolecular_interaction ]字段,给两部分之间手动加上恰当的[ bonds ]、[ angles ]、[ dihedrals ]项
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 16:48 , Processed in 0.158134 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list