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本帖最后由 coolrainbow 于 2021-11-1 17:10 编辑
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下载ABCluster可直接点击： http://zhjun-sci.com/abcluster
ABCluster教程： http://zhjun-sci.com/abcluster/doc
ABCluster是一款最早发布于2015年的软件，目的是为化学工作者提供最高效、最便捷的搜索原子与分子团簇结构的方式。自推出以来，受到广泛好评，已经被来自大气化学、金属团簇、催化、电化学、环境化学、有机合成、能源材料等多个不同领域的研究人员引用。很多工作发表在了高水平期刊上（如2021年的Science和Proc. Natl. Acad. Sci.）。2021年10月29日，ABCluster发布3.0版本。这是一个极其重要的升级，添加了很多之前没有或者很难实现的功能，其中最重要的两个方面：
- 添加了柔性分子的构象搜索。从此单个分子的构象搜索也可以像多个分子的团簇全局优化一样用ABCluster进行；并且构象搜索和团簇全局优化可以同时进行以操作含有刚性和柔性分子的团簇，实现更加灵活精确的构象搜索。
- 内置了xTB方法和CHARMM力场计算引擎。这样在进行全局优化和构象搜索时，这个快速的量子化学方法和分子力学方法都不需要另外安装程序，可以由ABCluster自身进行，这又大大简化了软件的操作方法。在Windows和Linux下都已经实现。
尽管ABCluster内部的算法相当复杂，但它对使用者却是十分友好的一个软件：
- 开箱即用。只要解压缩后就可以使用，不需要编译。预编译软件的效率已经足以满足科研级别的要求。
- 跨平台，使用方便。软件在Windows和Linux下的所有功能和行为完全一致。读者完全可以在Windows下进行学习，再在Linux下进行大型团簇的优化。事实上，即使在Windows下，也可以做很大体系的优化。
- 教程详细丰富。ABCluster提供了详细的教程，精确到每一步以完成一个真实的全局优化或构象搜索。实际上，读者完全不需要阅读全部教程，只要在目录中寻找与自己感兴趣的体系接近的例子，直接阅读相关的章节，就可以立即用ABCluster从事自己的科研工作。
从ABCluster 3.0起，手册同时提供在线网页版和离线PDF版。推荐大家使用在线网页版，因为排版比PDF要好看一些，也适合在计算机上直接操作，复制代码等。
- 使用简单。作者将软件的操作简化到了极致。一般来说，读者只需要一两个小时的学习时间，就可以立即进行科研级别的工作。
- 提供应用编程接口（API）。读者可以灵活使用各种脚本（Python，Shell等）调用ABCluster尚未官方支持的程序如ADF，VASP等。
下面详细列举下ABClsuter的主要功能：
- 寻找各种原子团簇的全局和局部极小点。
- 寻找各种分子团簇的全局和局部极小点。
- 指定点群生成原子团簇。支持所有的点群。
- 寻找配体保护、表面支撑、约束空间下的团簇全局和局部极小点。
- 寻找复杂拓扑结构的柔性有机分子的全局和局部稳定构象。包括含有大量可旋转单键的分子：以及含有大环的分子：
- 软件内置了大量经验力场（例如Gupta势、Lennard-Jones势等）、分子力学（CHARMM）和半经验量子化学（xTB）计算引擎。对于大部分场景，ABCluster足以独立计算能量和梯度，不需要第三方软件。
- 软件提供了Gaussian和CP2K的接口。利用CP2K可以方便地搜索需要周期性量子化学方法优化的团簇：
- 提供了灵活的指令调控团簇的结构，如固定某个分子、在某个分子表面分布、形成胶束、分布在某层中等等，都可以非常简单的实现：
- 在构象搜索中，可以精确调控柔性，如指定只旋转某些键、只变形某些环等。
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发表于 Post on 2021-11-1 17:07:27
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楼主 Author