如何在pdb文件中设置两个分子的质心距离？

团团团子zzz

我想做这样一件事：AB是由A和B结合的复合物，我将AB的pdb文件分开，想将他们的质心距离设为25埃，该怎么设置呢？我觉得这一步应该是对pdb文件进行操作吧，然后在生成psf文件。但是具体怎么操作我不清楚，顺便问一下，通过一个pdb文件，怎么能够计算质心的坐标呢？？先谢谢各位老师和前辈了，抱拳！

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我会了，用matlab求出坐标转换的转换矩阵，在VMD的TK页面用move命令进行移动，就可转移到目标坐标了。