关于GDP分子的prep文件的解读问题

退休老干部 · 发表于 Post on 2021-11-4 23:16:07

这是我从这个http://amber.manchester.ac.uk/网站上截取的GDP分子的prep文件，如下图所示：

按照amber官网对prep文件的解读，第五列表示的是该原子所连原子的原子序号，我圈出来的这几个原子都连了7号原子，也就是O3B，按照GDP分子的结构，这不合理啊。
难道我对prep文件的解读有误？

王肖索 · 发表于 Post on 2025-1-8 16:04:54

老师，我新手问一下，在加氢前的pdb文件中需不需要加入GDP，这个和小配体啥的都算是小分子吗？因为我看加氢结果对于GDP有报错

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