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[新手求助] oniom计算时高层中含有金属原子时如何设置混合机组

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最近想学一下oniom,想问一下如果高层中含有金属原子,设置混合机组,如何在输入文件里修改机组,便于在linux里计算。不胜感激。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-9 08:56:08 | 只看该作者 Only view this author
懂了懂了,谢谢各位老师

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发表于 Post on 2021-11-8 19:21:13 | 只看该作者 Only view this author
zhining 发表于 2021-11-8 18:55
谢谢,这篇看了。只是因为在过程中,体系很大,想要节省时间,把下面的固定住

固定就固定,和用ONIOM有什么关系
混合基组+固定部分原子又不冲突
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2021-11-8 19:20:23 | 只看该作者 Only view this author
zhining 发表于 2021-11-8 14:26
谢谢老师。老师,您好,如果只用混合基组,在大体系中有相同的原子用不一样的基组的时候,应该怎么设置呢 ...

用原子序号来指定就完了,又不是只能用元素来指定。6楼提到的我的博文里都说了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-8 18:55:43 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2021-11-8 14:31
看卢老师博文《详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入》http://sobereva.com/60。顺便,强 ...

谢谢,这篇看了。只是因为在过程中,体系很大,想要节省时间,把下面的固定住

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发表于 Post on 2021-11-8 14:31:55 | 只看该作者 Only view this author
zhining 发表于 2021-11-8 14:26
谢谢老师。老师,您好,如果只用混合基组,在大体系中有相同的原子用不一样的基组的时候,应该怎么设置呢 ...

看卢老师博文《详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入》http://sobereva.com/60。顺便,强行分两层还用不同的杂化泛函真的很无厘头,不同杂化泛函计算量差别根本没那么大,至少是同一个数量级的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-8 14:26:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-7 23:19
直接用wB97XD结合混合基组就完了,不重要的地方用小基组,重要的地方用大基组。根本就不需要牵扯ONIOM, ...

谢谢老师。老师,您好,如果只用混合基组,在大体系中有相同的原子用不一样的基组的时候,应该怎么设置呢?比如一个体系,想固定的地方含碳和贵金属,但是重要的部分也含C和贵金属,应该怎么设置呢?

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发表于 Post on 2021-11-7 23:19:11 | 只看该作者 Only view this author
zhining 发表于 2021-11-7 09:43
谢谢老师。之前在windows系统里做了一个丙醛分子,使用oniom方法能直接用,但是在linux里试了很多次,显 ...

直接用wB97XD结合混合基组就完了,不重要的地方用小基组,重要的地方用大基组。根本就不需要牵扯ONIOM,用ONIOM纯粹是自找麻烦、瞎折腾
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-7 09:43:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-6 21:15
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

谢谢老师。之前在windows系统里做了一个丙醛分子,使用oniom方法能直接用,但是在linux里试了很多次,显示输入文件里有错误。最后改为如下,才有了输出。虽然直接在oniom里不用混合基组是也可以。但是不知道今后如果有金属的话该如何对应。想问问,最后原子的设定规则如何。谢谢。
#p opt=(cartesian,gdiis) freq oniom(wb97xd/gen:b3lyp/gen)

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发表于 Post on 2021-11-6 21:15:57 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“oniom的使用”改了,以后务必注意

没有机组只有基组

说清楚什么程序做的ONIOM
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html

当前问题和Linux没有任何直接联系

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