lammps中如何计算距离表面不同位置处离子的扩散速率和配位数

pchenliang · 发表于 Post on 2021-11-11 16:43:46

各位大佬，在本人的认知中，扩散速率只能是针对整个体系的，先计算MSD均方位移，再拟合出扩散系数D；类似地，离子的配位数也是针对整个体系，先计算rdf径向分布函数，再积分出配位数N。
但是lammps中如何计算距离表面不同位置处离子的扩散速率和配位数？如果lammps不行，该采用什么方法？阅读文献，看到少数论文都做了相关研究，请见图片。

如能得到各位大佬的解惑，不胜感激！

海棠依旧cdut · 发表于 Post on 2025-1-10 21:30:54

Tifo 发表于 2021-12-2 16:45
计算不同位置处扩散系数是有公式的你可以参考一下这篇文献On the Calculation of Diffusion Coefficients ...

您好，不同位置的配位数您会算了吗？

萌新杨同学 · 发表于 Post on 2023-2-11 17:11:27

楼主您好，请问您解决了计算距离表面不同位置处扩散系数的方法了吗？可以分享一下吗

pchenliang · 发表于 Post on 2021-12-28 14:56:20

Tifo 发表于 2021-12-2 16:45
计算不同位置处扩散系数是有公式的你可以参考一下这篇文献On the Calculation of Diffusion Coefficients ...

再请教下，我看了这文献，很难看懂。比如，如何判定哪些粒子仍然在层中，在Lammps中如何来计算这些粒子的均方根位移和生存概率函数？还是说对轨迹文件如何处理获得这些信息？感谢C:\Users\Administrator\Desktop\360截图20211228145825748.jpg

pchenliang · 发表于 Post on 2021-12-23 20:42:10

Tifo 发表于 2021-12-2 16:45
计算不同位置处扩散系数是有公式的你可以参考一下这篇文献On the Calculation of Diffusion Coefficients ...

谢谢老兄指点

Tifo · 发表于 Post on 2021-12-2 16:45:05

计算不同位置处扩散系数是有公式的你可以参考一下这篇文献On the Calculation of Diffusion Coefficients in Confined Fluids and Interfaces with an
Application to the Liquid-Vapor Interface of Water；至于不同位置配位数我还没算过蹲一个大佬

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