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[VMD] vmd里如何输出所有resid质心随时间的变化?

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楼主
请问一下,大家知道在vmd里如何输出所有resid的质心随时间变化的坐标吗,我现在只会写一个残基的质心坐标随时间的变化。理论上来说在套一个for循环,就可以得到所有残基的质心坐标随轨迹时间的变化,但是在最后写入txt文件的时候,应该怎么把不同残基的xyz写在对应的列呢,麻烦大家了,希望大家能够给点意见,同时也感谢所有回复的人,本人才刚开始接触vmd的命令,还不太懂。(图片是一个残基的质心坐标随时间的变化,第一列为帧数,第2-4列分别为质心的坐标x,y,z)

一个残基的质心坐标随时间的变化.png (85.3 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

一个残基的质心坐标随时间的变化.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-5 14:55:54 | 只看该作者 Only view this author
这是我的vmd脚本,需要用的到可自行下载,输出文件为framescomxyz.txt,第一列为帧数,后面为残基xyz坐标,一个残基循环完所有帧之后紧接第一个残基......

framescomxyz.tcl

653 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 78

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-29 10:27:41 | 只看该作者 Only view this author
GUDUGUDU 发表于 2021-12-27 19:43
请问楼主解决了吗?最近我也遇到了同样的问题

所有的残基都输入到一个文件里面,其他残基会自动排列到一个残基的下面,以此类推

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发表于 Post on 2021-12-27 19:43:04 | 只看该作者 Only view this author
请问楼主解决了吗?最近我也遇到了同样的问题

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-16 11:46:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-15 23:10
我不知道你说的“对应的列”是什么。你在输出的时候要求不换行,下一个残基质心的xyz在前一个残基后面累加 ...

感谢sob老师的回复,以后发帖的时候我也一定会注意老师所说的格式问题,减轻老师的修改量,感谢老师

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发表于 Post on 2021-11-15 23:10:17 | 只看该作者 Only view this author
我不知道你说的“对应的列”是什么。你在输出的时候要求不换行,下一个残基质心的xyz在前一个残基后面累加就完了。

可以让脚本最后再输出个提示,每一列对应哪个残基质心的哪个笛卡尔坐标。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-11-15 23:07:59 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,避免有任何歧义,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“vmd输出所有resid质心随时间的变化”改了,以后务必注意
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