电子输运性质计算软件Nanodcal parallel installing

五十八

安装位置应尽量选择在front node（就是一般软件安装的位置，大家的登陆节点）

首先配置mpi和openmpi

如果已经安装了两者，不要升级或者卸载，安装在另一个路径

./configure --prefix=原有安装路径--enable-mpirun-prefix-by-default --enable-shared --enable-static

make

make install

确保已安装gcc

本次使用的是matlab r2015a glnx64（root权限下）

解压iso文件，之后./install

输入key如下

之后建立一个matlab_network.lic

内容为

USE_SERVER

进行激活，记得选择安装组件的时候全选中，

之后进入配置matlab的路径

export PATH=$PATH:/matlab/install/path

alias matlab_shell="matlab -nojvm"

写入/etc/bashrc

之后source /etc/bashrc

将nanodcal解压至常用安装目录

其后在此处打开matlab（最好是可视化不是的话也没关系）

载入matlab会显示academic license证明安装成功，

此处若有toolbox cache相关提醒，可以在performance的general中找到enabletoolbox cache 和其下的update button可以更新cache

之后输入mex -setup c++

在输入nanodcal -install 进行安装（安装后会写入path）

此处生成licensenumber.txt可以提交获取license.dat

另外使用ifconfig 命令查看mpi对应内网ip（LAN address）

其后，将其写入ip.dat文件和license.dat一起放入新建立的 mkdir license/下面

下一步是mcc编译nanodcal

使用 mcc -m nanodcal -a classes/ -a license/ -ananodcalversion.txt -a generaldata/ -a neutralatomdatabase/ -a autotest/

编译 其中 后两者可以不参与mcc编译，需要编译后直接进行autotest和基组的话可以放入

此处如果遇到 zero length问题是因为matlab没有激活成功

要使用mcc编译好的nanodcal需要安装matlab compiler runtime

在matlab中输入 mcrinstaller 会有可能的安装包地址（r2015a使用的v85），安装好后，使用编译好的文件中有run_nanodcal.sh可以输入mcr的地址和输入文件直接运行

         两黄线中为非必须步骤                                                

要注意，应使用server版本的matlab

测试安装的parallel nanodcal是否成功可以使用下面的语句:

mpirun -np 4 matlab -nojvm -r "nanodcal-autotest -parallel"

会有输出结果不报错（可能会有警告 请忽略）即证明成功。

以上。

五十八

P.S 在完成了上述安装之后，一般就可以运行了，要注意使用gcc编译的openmpi，注意环境变量PATH和LD_LIBRARY_PATH，可以使用ldd查看下 classes下common -> @cMPI下的mex文件
另外 mcc编译好之后 run_nanodcal.sh脚本里添加环境变量（最好新建一个bin文件夹存放nanodcal 二进制文件）
export PATH=$PATH:/public/software/Nanodcal/bin
export MCR_ROOT=/public/software/MATLAB/MATLAB_Runtime
export XAPPLRESDIR=$MCR_ROOT/v90/X11/app-defaults
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBARAY_PATH:$MCR_ROOT/v90/runtime/glnxa64:$MCR_ROOT/v90/bin/glnxa64:$MCR_ROOT/v90/sys/os/glnxa64:$MCR_ROOT/v90/sys/opengl/lib/glnxa64
这样就可以使用nanodcal直接运行了，我的提交脚本如下供大家参考
#PBS -N test
#PBS -l nodes=1:ppn=10
#PBS -j oe
#PBS -q batch

cd $PBS_O_WORKDIR

ulimit -s unlimited
ulimit -l unlimited

echo my job id is $PBS_JOBID | tee  test.log
echo run nodes is following: | tee -a test.log
cat $PBS_NODEFILE | tee  -a test.log

echo begin time is `date` | tee -a  test.log
id=`echo $PBS_JOBID|awk -F. '{print $1}' `
NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/public/software/mpi/openmpi/1.6.5/gcc/lib
/public/software/mpi/openmpi/1.6.5/gcc/bin/mpirun -np 10 nanodcal -parallel scf.input  > log.run
echo end time is `date` | tee -a  test.log
rm nanodcal_crash_dump.tp*
因为是测试运行，难免有不好的习惯，大家别学去
注意：
遇到添加了PATH还是没有命令的情况请更改nanodcal文件本身的属性（750/755）
以上