两相系统（有机分子/水）分子动力学模拟力场选择问题

xryao · 发表于 Post on 2021-11-19 16:00:22

各位老师好，请教一下做有机分子（醇和中链脂肪酸）与水组成的两相系统（如图）的分子动力学模拟选择什么力场比较合适？目前使用的是amber99sb-ildn，通过acpype获取有机分子GROMACS拓扑文件，用RESP2(0.5)分配原子电荷（GROMACS模拟过程中警告体系电荷不为零，是否对后续过程有影响？），请各位老师指点，谢谢。

xryao · 发表于 Post on 2021-11-21 14:39:53

sobereva 发表于 2021-11-21 06:15
这没有体现任何没达到平衡的信息
要考察平衡没有，通常应当绘制粒子数分布、氢键数目、盒子尺寸等等随时 ...

好的谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-21 06:15:27

xryao 发表于 2021-11-20 10:34
sob老师，请问如何判断两相系统是否收敛呢，或者说怎么判断该体系达到稳定状态了？对该两相系统进行了100 ...

这没有体现任何没达到平衡的信息
要考察平衡没有，通常应当绘制粒子数分布、氢键数目、盒子尺寸等等随时间的变化曲线，平坦了就说明收敛了

xryao · 发表于 Post on 2021-11-20 10:34:10

本帖最后由 xryao 于 2021-11-20 10:37 编辑

sobereva 发表于 2021-11-20 09:07
基本可以忽略

sob老师，请问如何判断两相系统是否收敛呢，或者说怎么判断该体系达到稳定状态了？对该两相系统进行了100ns的MD模拟，按gmx density -f md.xtc -n index.ndx -s md.tpr -o XXX.xvg查看了某组分在盒子内的密度分布（如图），这样的结果是不是因为模拟没达到平衡，还是我分析有误。

C:\Users\94187\Desktop\1.png

xryao · 发表于 Post on 2021-11-20 09:10:11

sobereva 发表于 2021-11-20 09:07
基本可以忽略

好的，谢谢sob老师。

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-20 09:07:00

xryao 发表于 2021-11-20 09:04
好的，谢谢sob老师，每种分子的原子电荷加和是为0的，体系总电荷有0.02左右，这个是否可以忽略，我去尝试 ...

基本可以忽略

xryao · 发表于 Post on 2021-11-20 09:04:23

sobereva 发表于 2021-11-20 08:07
脂肪酸用GAFF结合RESP2(0.5)
水用OPC，用比较流行的SPC/E也凑合。
当前不牵扯生物分子，根本不涉及AMBER ...

好的，谢谢sob老师，每种分子的原子电荷加和是为0的，体系总电荷有0.02左右，这个是否可以忽略，我去尝试一下您推荐的力场。

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-20 08:07:42

脂肪酸用GAFF结合RESP2(0.5)
水用OPC，用比较流行的SPC/E也凑合。
当前不牵扯生物分子，根本不涉及AMBER力场
弄清楚净电荷不为0是怎么回事。先看看每种分子的原子电荷加和是否为0（Multiwfn输出的RESP/RESP2电荷的小数位数已经很多了，不应当会偏离0明显）。如果每种分子都为0，体系总电荷只是零点零零零零几那种程度（加和时数值误差累积所致），直接当成0即可。

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