计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 4862|回复 Reply: 12
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] gromacs多线程跑崩溃

[复制链接 Copy URL]

5

帖子

0

威望

17

eV
积分
22

Level 1 能力者

本帖最后由 完美的木头 于 2021-11-23 08:06 编辑

使用双线程,多核跑起来就崩溃,请问大家个情况怎么解决,谢谢各位!

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

13#
发表于 Post on 2021-11-28 14:33:27 | 只看该作者 Only view this author
chenbq18 发表于 2021-11-27 09:41
老师 这里64个逻辑核心是不是就是64线程。一个物理核心有两个线程,我这样理解对吗

粗略来说是这样
但这和实际计算时候指定用多少线程做并行计算是两码事。
看看此文了解更多知识
正确认识超线程(HT)技术对计算化学运算的影响
http://sobereva.com/392

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

516

帖子

1

威望

4765

eV
积分
5301

Level 6 (一方通行)

12#
发表于 Post on 2021-11-27 17:37:18 | 只看该作者 Only view this author

67

帖子

0

威望

1305

eV
积分
1372

Level 4 (黑子)

11#
发表于 Post on 2021-11-27 09:41:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-25 10:22
那叫有两个CPU,每个CPU有16个物理核心,因此总共是2*16=32个物理核心。由于有超线程,所以是2*32=64个逻 ...

老师 这里64个逻辑核心是不是就是64线程。一个物理核心有两个线程,我这样理解对吗

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2021-11-25 10:22:23 | 只看该作者 Only view this author
完美的木头 发表于 2021-11-24 09:20
老师,我应该是对概念不理解,物理核心是2个。每个核有16个物理核心,逻辑核心查的命令是64

那叫有两个CPU,每个CPU有16个物理核心,因此总共是2*16=32个物理核心。由于有超线程,所以是2*32=64个逻辑核心
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

5

帖子

0

威望

17

eV
积分
22

Level 1 能力者

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-24 09:20:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-24 07:34
物理核心16个怎么可能逻辑核心有64个
没事甭用MPI版
并行线程数应当等于物理核心数

老师,我应该是对概念不理解,物理核心是2个。每个核有16个物理核心,逻辑核心查的命令是64

5

帖子

0

威望

17

eV
积分
22

Level 1 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-24 09:11:59 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2021-11-24 00:04
你知不知道export OMP_NUM_THREADS=110这个是啥意思?我都傻了

我也是刚用这些命令,好多都不懂

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2021-11-24 07:34:19 | 只看该作者 Only view this author
完美的木头 发表于 2021-11-23 20:39
老师,你好,cpu是64  Intel(R) Xeon(R) Gold 5218 CPU @ 2.30GHz 物理核心 16 逻辑核心 64
mdrun 命令 ...

物理核心16个怎么可能逻辑核心有64个
没事甭用MPI版
并行线程数应当等于物理核心数
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1665

帖子

5

威望

4788

eV
积分
6553

Level 6 (一方通行)

喵星人

6#
发表于 Post on 2021-11-24 00:04:19 | 只看该作者 Only view this author
你知不知道export OMP_NUM_THREADS=110这个是啥意思?我都傻了

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
snljty + 1 233333

查看全部评分 View all ratings

5

帖子

0

威望

17

eV
积分
22

Level 1 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-23 20:39:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-23 09:00
说清楚当前机子是什么CPU,多少物理和逻辑核心,以及mdrun运行的命令是什么

老师,你好,cpu是64  Intel(R) Xeon(R) Gold 5218 CPU @ 2.30GHz 物理核心 16 逻辑核心 64
mdrun 命令是export OMP_NUM_THREADS=110
mpirun -np 2 gmx_mpi mdrun -v -deffnm md3 -cpi mdv2.cpt -noappend

5

帖子

0

威望

17

eV
积分
22

Level 1 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-23 20:36:19 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2021-11-23 08:37
你的mpi和omp并行设置不合理。。。。不过你的核数还真是多

好的,主要是最近需要跑一些程序

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2021-11-23 09:00:03 | 只看该作者 Only view this author
说清楚当前机子是什么CPU,多少物理和逻辑核心,以及mdrun运行的命令是什么
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1665

帖子

5

威望

4788

eV
积分
6553

Level 6 (一方通行)

喵星人

2#
发表于 Post on 2021-11-23 08:37:48 | 只看该作者 Only view this author
你的mpi和omp并行设置不合理。。。。不过你的核数还真是多

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-21 03:27 , Processed in 0.218524 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list