求助：amber14生成的拓扑文件出现错误

fuchg · 发表于 Post on 2021-11-25 14:24:41

各位老师，本人使用amber14中的tleap生成拓扑文件，结尾处如图所示

随后我准备使用cpptraj准备生成结构查看是否出错，出现以下错误

我按照它提示的用'fixatomorder'进行修复，输入文件为

运行命令为：cpptraj -p com.prmtop -c com.inpcrd -i fixatord.in > fixatord.out
仍出现相同的错误，如下图

请问各位老师我该如何解决呢？

fuchg · 发表于 Post on 2021-11-30 10:20:59

目前这个错误算是解决了，因为我之前使用Gaussian 09计算的小分子和ADP是质子化之后的，随后我又重新计算了一遍没有经历质子化的结构，之后继续进行操作，目前没有出现报错，估计可能就是由于质子化导致小分子或者ADP的计算出现了一些问题，但是更具体的问题就不知道是什么情况了

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[Amber] 求助：amber14生成的拓扑文件出现错误