模型NVT处理

po390

本人目前开始用gromacs（版本是5.1.1）研究蛋白质和有机大分子之间的相互作用，我用VMD采用amber力场的参数构建了模型，但进行完能量最小化之后进NVT平衡时，总是提示：

Back Off! I just backed up step0c.pdb to ./#step0c.pdb.4#
Wrote pdb files with previous and current coordinates
starting mdrun 'Gromacs Runs On Most of All Computer Systems in water'
250000 steps,    500.0 ps.

WARNING: Listed nonbonded interaction between particles 6483 and 6507
at distance 6.324 which is larger than the table limit 2.4 nm.

This is likely either a 1,4 interaction, or a listed interaction inside
a smaller molecule you are decoupling during a free energy calculation.
Since interactions at distances beyond the table cannot be computed,
they are skipped until they are inside the table limit again. You will
only see this message once, even if it occurs for several interactions.

IMPORTANT: This should not happen in a stable simulation, so there is
probably something wrong with your system. Only change the table-extension
distance in the mdp file if you are really sure that is the reason.

我想在此请教的是，一般会引起这个这个问题的主要原因是什么？gromacs手册和教程有提到是准备工作没做好和参数设置的问题，在建模的准备工作中如何避免出现这个问题？
在此先感谢大家了！

po390

好的，我多试几次，因为参数是混合的（从不同文献中提取和自己拟合的），可能存在不合理的地方。

太感谢sob大神啦！！！！预祝新春愉快！阖家安康！

sobereva

po390 发表于 2016-2-3 14:20
感谢sob大神的回复！年前回复还如此迅速！预祝新年快乐！

根据提醒，我仔细检查了下，发现蛋白质中的配 ...

毕竟两个程序用的力场和默认的模拟算法有差异，那就只能一点点反复尝试修改拓扑文件（包括尝试其它力场）以及模拟参数。如果没优化先优化，如果步长大先改小，如果一开始升温太快可以让升温慢一点，反复多试试吧。

po390

感谢sob大神的回复！年前回复还如此迅速！预祝新年快乐！

根据提醒，我仔细检查了下，发现蛋白质中的配体分子出现了跟初始构型相差巨大的位移，且有机分子出现很独特的变异。因为之前在NAMD中这个体系构型可以运行，换到gromacs时就出现了这个问题，而后直接用gromacs提供的教程一步一步进行准备工作，也会出现这个问题。感觉问题应该出在我的模型参数或者构型上，但不理解的是，为什么在NAMD中可以运行却无法在Gromacs中运行？

再次感谢sob大神！！！

sobereva

就是模拟不合理所致，可能原因：
1 初始结构不合理
2 mdp参数设定不合理
3 拓扑文件不合理
只能反复检查、尝试。如果怎么也检查不出毛病，可以先尝试减小步长并去掉约束或冻结设定。
如果是模拟到中途才报这个错误，检查最后备份出来的pdb结构看看哪里异常。