关于配位键上氢原子是否去除的问题

zjx-leslie · 发表于 Post on 2021-12-2 18:49:02

本人优化的体系中，配体小分子FMN和锰离子形成配位键，锰离子又和多个残基形成配位键，从而实现蛋白对辅基的固定，我想请教的是，在我构建体系用于拟合FMN分子的RESP电荷的时候，是否需要把上述用于固定的残基考虑进去？如果需要考虑这部分残基的话，是否需要对这部分残基加以限制？另外，请问用于提供电子对形成配位键的原子，是否需要把氢去掉？
图中黄色的部分为锰离子，上面为FMN,下面为残基

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-3 01:31:20

应当考虑进去。另外，建议Multiwfn拟合RESP电荷时考虑Mn-O键旋转产生的多个构象，因为上面的部分很容易在MD过程中旋转。

配位原子原先带氢的话，配位时应该去掉氢，否则影响配位

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