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[Gaussian/gview] 优化结构并计算频率后,与红外实验结果对比,多了一峰

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其他都大致一样,就是多了一个C-H振动峰,这个峰能不能像消虚频一样消掉呀

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发表于 Post on 2021-12-4 01:47:48 | 只看该作者 Only view this author
假设来自构象权重问题,可以用molclus做构象搜索,然后用Multiwfn绘制构象权重平均的红外光谱,参看
构型和构象搜索程序Molclus主页:http://www.keinsci.com/research/molclus.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱
http://sobereva.com/383http://bbs.keinsci.com/thread-6186-1-1.html


也有可能和体系状态有关,有可能你需要对凝聚相体系跑动力学得到红外光谱,而不适合只用单个分子来算。

没更具体信息没法说
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2021-12-3 17:23:32 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wzkchem5 于 2021-12-3 10:25 编辑

这个看起来不是多了峰,而是计算的峰不如实验的宽。实验图可以看作是两个重叠很大的宽峰和一个窄峰,但一般计算红外的方法不能分别计算每个峰的峰宽,画图的时候必须把每个峰设成一样宽,所以才和实验对不上。
可以看一下你用的构象是不是分子的唯一构象,如果不是,应该做构象搜索,对每个构象都做红外计算,再把结果做Boltzmann平均。
此外注意所谓的消虚频不是把虚频凭空消灭掉,而是把虚频变成一个很小的实频。谐振近似下,非线性的N原子分子的振动频率数目永远是3N-6个,不可能凭空去掉一个。

Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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