CP2K如何计算出图中表面静电势？

Quantum198907 · 发表于 Post on 2021-12-7 12:04:55

大家好！求助啦！使用CP2K如何计算出如图所示的表面静电势？谢谢！

图片引自“http://sobereva.com/443”

GWQ251 · 发表于 Post on 2023-10-5 12:25:55

sobereva 发表于 2023-10-5 10:29
载入chg，进主功能0一看就知道结构明显都是错的，好好检查计算

好的，谢谢sob老师

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-5 10:29:56

GWQ251 发表于 2023-10-5 09:32
sob老师，我又用基于resp电荷的chg文件带入到Multiwfn中进行ESP分析，具体如http://sobereva.com/639所给。 ...

载入chg，进主功能0一看就知道结构明显都是错的，好好检查计算

GWQ251 · 发表于 Post on 2023-10-5 09:32:35

sob老师，我又用基于resp电荷的chg文件带入到Multiwfn中进行ESP分析，具体如http://sobereva.com/639所给。但是我发现对于含有羟基的cof片段来说，他的最大和最小值在-120 ~ 120 kcal/mol范围内，这个是否合理呢。附件是cof的pdb文件和chg文件。

GWQ251 · 发表于 Post on 2023-10-1 10:48:04

sobereva 发表于 2023-10-1 10:35
目前不支持周期性体系，以后会支持

好的，谢谢sob老师！

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-1 10:35:17

GWQ251 发表于 2023-10-1 10:29
非常感谢sob老师的答疑！但是如果我想做类似于 http://sobereva.com/196 这种不同静电势范围面积的分布情 ...

目前不支持周期性体系，以后会支持

GWQ251 · 发表于 Post on 2023-10-1 10:29:58

sobereva 发表于 2023-10-1 06:41
Multiwfn不支持对周期性体系计算静电势，应当直接用CP2K产生的静电势cube文件绘图
使用Multiwfn非常便利 ...

非常感谢sob老师的答疑！但是如果我想做类似于 http://sobereva.com/196 这种不同静电势范围面积的分布情况，我该怎么做呢。

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-1 06:41:28

GWQ251 发表于 2023-9-30 18:50
老师，请问我参考您推荐的方法用cp2k生成了 Molden 文件，然后送入到 multiwfn 中进行 ESP distribution 的 ...

Multiwfn不支持对周期性体系计算静电势，应当直接用CP2K产生的静电势cube文件绘图
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）
上文提到的界面里直接就可以选择输出Hartree势（静电势的负值）的cub文件

GWQ251 · 发表于 Post on 2023-9-30 18:50:49

老师，请问我参考您推荐的方法用cp2k生成了 Molden 文件，然后送入到 multiwfn 中进行 ESP distribution 的分析（http://sobereva.com/196）。但是我发现 negative surface area 是NAN，但是vesta 直观看表面静电势能图出来的还是有 negative surface area 的。
另外我把您给我们的 file.zip 中的例子也试了一下（lycoris2-MOS-1_0.molden），但是看起来negative surface area 也是 NAN，请问我们有什么操作做错了吗

GWQ251 · 发表于 Post on 2023-9-30 18:44:25

本帖最后由 GWQ251 于 2023-9-30 19:35 编辑

此贴已删

madhatter · 发表于 Post on 2023-5-29 08:33:24

论坛里搜绘制静电势的教程里有

Janson_Shi · 发表于 Post on 2023-5-27 20:48:43

本帖最后由 Janson_Shi 于 2023-5-28 21:16 编辑

madhatter 发表于 2023-2-19 19:07
图片是直接cp2k得到了hartree cube和density cube，作图得到的
按照sob老师*-1的方法，就完全相反不 ...

请问color legend那个极值点是怎么知道的呢？黄色的球蓝色的球是怎么显示的呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-20 02:37:47

madhatter 发表于 2023-2-19 19:07
图片是直接cp2k得到了hartree cube和density cube，作图得到的
按照sob老师*-1的方法，就完全相反不 ...

是kcal/mol不是kal/mol
显然乘了-1的才和习俗一致
表面静电势相对越正的地方亲电性越强、越容易糟亲核进攻

madhatter · 发表于 Post on 2023-2-19 19:07:54

sobereva 发表于 2023-2-19 01:29
那叫Hartree potential

是反过来的

图片是直接cp2k得到了hartree cube和density cube，作图得到的
按照sob老师*-1的方法，就完全相反不知道哪个对
目的是打算比较氧化石墨烯的含氧官能团吸电子能力如果静电势是正是否可以说吸引电子能力强
是否有其他方法比较或者不做周期性做非周期性用orca做静电势？

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-19 01:29:54

madhatter 发表于 2023-2-18 15:17
问一下sob老师，我用cp2k得到了hatre potential（静电势的相反数）和电子密度图作图得到的是否与静电势 ...

那叫Hartree potential

是反过来的

如果不习惯，可以用Multiwfn载入Hartree potential的cube文件，用主功能13的子功能11乘以-1，然后导出cube文件，就对应静电势了。

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