计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 4542|回复 Reply: 0
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[ORCA] ORCA使用NEB-TS计算反应路径的疑问

[复制链接 Copy URL]

74

帖子

0

威望

1045

eV
积分
1119

Level 4 (黑子)

本帖最后由 sylar 于 2021-12-16 14:11 编辑

最近使用ORCA的QMMM来做酶促反应路径的计算,涉及两步质子转移,参考一些文献中说的,首先做了8组100ns的MD并聚类,得到了8个聚类结构,而后做了结构优化,发现8个结构差别很小,所以拿了一个跑NEB-TS,分成两步跑分别是R-INT和INT-P,收敛到了如下状态,现在有几个问题是:1.第一个为什么会迭代到一个平顶,而且过渡态一直没能自动优化出来,image数量为8,需要加大还是减少?
2.其余七个结构是否也要做NEB-TS,然后从得到的8个过渡态选择能垒最低的为代表?
3.ORCA有一个设置为'free_end',不冻结反应物状态和产物状态,也就是image的两端,开启这个的话得到的是否就是这个酶当前结构下的最低MEP?
4.我做QMMM的流程是否有问题?

请各位老师指点,谢谢!



手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-27 13:10 , Processed in 0.174362 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list