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[GROMACS] 求助氢分子建模进行NPT时角度超过了30度

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各位大佬,我是个新手,在建氢分子模型时进行NPT时总是报错。
我是采用了54a7力场,虚拟位点构建的氢分子,在进行NPT时会显示转角超过了30度,更改为90度,也还是不行,想知道氢分子为什么会有转角,有没有做过氢气的大佬指导一下,在此谢谢各位了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-20 19:26:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-20 18:07
这种气体根本不适合NPT,盒子波动会超级剧烈,不要和计算液体的情况等同视之
应当通过NVT模拟时设定的不 ...

好的,感谢sob老师您的回复

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发表于 Post on 2021-12-20 18:07:27 | 只看该作者 Only view this author
风起于夏 发表于 2021-12-19 22:39
sob老师,我还想问一下,师兄在教我的时候说是做了NVT后还要做NPT,NVT是负责改变盒子中分子的位置不改变 ...

这种气体根本不适合NPT,盒子波动会超级剧烈,不要和计算液体的情况等同视之
应当通过NVT模拟时设定的不同的盒子体积来控制当前模拟对应的平均压力
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-19 22:39:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-19 18:19
DispCorr都是次要的,先用NVT再说,不要避重就轻。NVT能跑就没事,本来就不该用NPT

sob老师,我还想问一下,师兄在教我的时候说是做了NVT后还要做NPT,NVT是负责改变盒子中分子的位置不改变盒子大小,NPT才是对盒子进行压缩,我如果只进行NVT的话如何才能得到不同压强下氢气的密度。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-19 22:29:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-19 18:19
DispCorr都是次要的,先用NVT再说,不要避重就轻。NVT能跑就没事,本来就不该用NPT

好的sob老师

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发表于 Post on 2021-12-19 18:19:26 | 只看该作者 Only view this author
风起于夏 发表于 2021-12-19 11:44
sob老师,很感谢您的回复,我是做氢气穿透高密度聚乙烯的模拟,现在是给氢气建模想要模拟出不同压强下氢 ...

DispCorr都是次要的,先用NVT再说,不要避重就轻。NVT能跑就没事,本来就不该用NPT
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-19 11:44:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-18 22:49
做的是NPT,为何传nvt.mdp?NVT模拟是什么情况?
本来这种体系就应当用NVT跑
盒子绝大部分都是空的,绝对 ...

sob老师,很感谢您的回复,我是做氢气穿透高密度聚乙烯的模拟,现在是给氢气建模想要模拟出不同压强下氢气的密度。我想的是NVT在进行NPT后查看氢气密度,然后在进行后面的穿透聚乙烯的模拟。
然后我根据sob老师您说的将DispCorr =EnerPres修改为no和Ener后还是显示角度超过了90度。

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发表于 Post on 2021-12-18 22:49:38 | 只看该作者 Only view this author
做的是NPT,为何传nvt.mdp?NVT模拟是什么情况?
本来这种体系就应当用NVT跑
盒子绝大部分都是空的,绝对不能用DispCorr        = EnerPres
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