ligpargen在线工具生成拓扑文件时出错

a9471163 · 发表于 Post on 2021-12-25 13:26:55

本帖最后由 a9471163 于 2021-12-25 13:44 编辑

各位老师，原子数有156个，用ligpargen生成拓扑时，可以提交文件计算，但计算一会儿网页就提示错误（如图1），如果用了梯子，则也有错误，错误是图2，总之是得不到结果文件，不知大佬们有没有遇到这种问题，能否解决呢。试了四环素分子，分子更小的时候是能拿到计算结果的。我上传了分子，如果有大佬能帮我生成一个opls-aa的拓扑，我将不胜感激，着急用啊，模拟结果要交了。我用mktop生成拓扑，它会卡住，计算了6小时也没结果出来，如图（用的命令是 perl mktop.pl -i noage-water.pdb -o noage.top -ff opls -conect yes；以及 perl mktop.pl -i noage-water.pdb -o noage.top -ff opls -conect no，这两个命令都试了）我前面做了个模拟用了opls-aa力场，为了结果有可比性，现在中途换其他力场也不合适，只能是opls-aa一直用下去了。

noage-water.pdb (16.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

a9471163 · 发表于 Post on 2021-12-25 20:36:23

sobereva 发表于 2021-12-25 19:05
尝试tppmktop，下文说了
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.k ...

好的，感谢sob老师，tppmktop只有在线版么，这个我蹲守了一天了轮不到我跑计算，一直有人在用服务器。我试试acpype

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-25 19:05:43

尝试tppmktop，下文说了
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

也可尝试acpype。其产生OPLS-AA力场的拓扑文件只是试验性的，注意自行检查指认的原子类型对不对

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[综合交流] ligpargen在线工具生成拓扑文件时出错

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